נכון לאוגוסט 2008 טרם הושלמה בניית שלושה מעברי קבע המתוכננים לקום בנקודות המעבר. העבודות במעברים הופסקו, בין היתר, עקב עיכובים בהקצאת כספים שאושרו כבר בתקציב התוכנית. משמעות הדבר היא בעיקר פגיעה במרקם החיים של התושבים וסיכון מוגבר לחיי החיילים, השוטרים והמאבטחים האזרחיים הפועלים במעברים.
מבקר המדינה קבע כי העובדה שגופים רבים - אזרחיים וצבאיים - פועלים במעברים בגיזרת "עוטף ירושלים", גורמת לעתים לבעיות של פיקוד ושליטה. "הפעלת המעברים ב"עוטף ירושלים" טרם אוזרחה במלואה כהמלצת המועצה לביטחון לאומי (המל"ל), ומי שבא במגע שוטף עם האוכלוסיה המקומית הם, בדרך כלל, שוטרים וחיילים לובשי מדים ולא אזרחים. בנוסף לכך, הצבת חיילים במעברים, שעה שמפקדי המעברים הם קציני משטרה, גורמת לעתים לבעיות פיקוד ושליטה המשפיעות על הפעילות המבצעית", כתב בדוח.
המל"ל המליצה, כי כל המעברים החדשים שיוקמו יועברו לאחריות המשטרה בקיץ 2005, ויתר המעברים יועברו בקיץ 2006. אף שהמלצת המל"ל לאזרח את המעברים אומצה, הרי שבמועד סיכום הביקורת, אוגוסט 2008, מתבצע הבידוק במעברים על-ידי חיילי המשטרה הצבאית ולא על-ידי אזרחים. מטרות האזרוח הן שצה"ל לא יהיה מעורב במשימה של בידוק אוכלוסיה במעברים ושהדבר יביא לאחידות הגופים הפועלים במעברים. אזרוח המעברים כרוך בהחלטות עקרוניות של תקצוב ותכנון ומן הראוי, איפוא, שמשרד ראש הממשלה ומשרד האוצר יתנו דעתם להסדרת הנושא בדחיפות.
המשטרה מתנגדת לכך ששירות הביטחון הכללי (השב"כ) יהיה אחראי להנחיה המקצועית במעברים ב"עוטף ירושלים" בתחום הטיפול הביטחוני בנוסע, ולכן היא אינה מיישמת את ההנחיות שהשב"כ קבע. לדעת המשטרה, כל עוד המעברים לא אוזרחו ופועלים בהם חיילים הרי שיש להתייחס אליהם כאל מחסום ולא כאל מעבר, ומשום כך אין צורך בהנחיה של השב"כ. גם המטה ללוחמה בטרור פנה למשטרה ולמשרד לביטחון הפנים בבקשה לאפשר את מימוש האחריות של השב"כ במעברים ב"עוטף ירושלים". על ראש הממשלה ועל השר לביטחון הפנים להסדיר בדחיפות את המחלוקת בין השב"כ למשטרה בעניין הטיפול הביטחוני בנוסע במעברי "עוטף ירושלים".
קיים פער בשוטרי מג"ב למשימות המבצעיות בגיזרת "עוטף ירושלים". בנוסף לכך, קיים פער של כ-71% בשוטרים ("כחולים") ופער של כ-14% במאבטחים אזרחיים.
רמת ההכשרה של החיילים, של שוטרי מג"ב ("ירוקים") ושל השוטרים ("כחולים") המשרתים במעברים לא עמדה בדרישות מחלקת המעברים במשטרה, האחראית להנחיה המקצועית בתחום האבטחה.
"במצב דברים זה של מחסור בכוח אדם במשטרה ושל פערים בהכשרת חיילים ושוטרים הפועלים במעברים לא ניתן לבצע ביעילות ובאופן מיטבי את המשימות המבצעיות שנועדו לשמור על חיי אדם. על המשטרה לבחון כיצד להשלים את פערי הסד"כ האמורים, ועל המשטרה וצה"ל להתאים בדחיפות את רמת ההכשרה של כוח האדם במעברים לדרישות של מחלקת המעברים במשטרה", ציין המבקר בדוח.
ביחס למיגון הניתן לכוחות הביטחון המשרתים במעברים קבע המבקר כי בביקורת עלה, שנדרש לשדרג חלק מהמעברים וזאת כדי שיבטיחו, בין היתר, מיגון הולם לחיילים, לשוטרים ולמאבטחים האזרחיים הפועלים בהם.