מבקר המדינה קובע (יום ב', 2.3.09) כי במהלך שני העשורים האחרונים חלה ירידה משמעותית במספר העתודאים המתחילים ללמוד לימודי רפואה במוסדות להשכלה גבוהה. כתוצאה מכך, נוצר בצה"ל מחסור של עשרות רופאים בשירות חובה, ובמיוחד בתפקידים ביחידות שדה. לדברי המבקר, הפתרון שבחר צה"ל, של הקמת מסלול "צבאי" נפרד לעתודאים לומדי רפואה, עשוי לפתור את הבעיה רק בעוד כעשור.
"היעדר רופאים ביחידות שדה הוא מצב חמור מאוד שאין להשלים עימו. בהתקיים מחסור ברופאים כפי שצה"ל מציג, ראוי שצה"ל וועדת תכנון ותקצוב של המועצה להשכלה גבוהה יסכמו בדחיפות, בשיתוף עם הפקולטות לרפואה, את הדרך המיטבית להגדלת מספר העתודאים הלומדים לימודי רפואה", קבע המבקר.
על אף המלצת משרד מבקר המדינה בביקורת הקודמת, ולפיה על הגורמים המוסמכים בצה"ל להגדיר על-פי צורכי צה"ל מפתחות מעודכנים לתקינת הרופאים בשירות סדיר והתפלגותם, ולוודא שתהיה התאמה בין המצבה לתקן, לא בחן צה"ל באופן מערכתי את תקינת הרופאים בשירות סדיר בכלל גופי צה"ל. בביקורת הנוכחית עלו גם פערים בין תקני הרופאים בשירות סדיר לבין איושם.