חשש מהשפעת הרב. במהלך דיון בבית המשפט העליון נחשף כי הפרקליטות הורתה למשטרה לפתוח בחקירה חדשה נגד רבה של צפת הרב שמואל אליהו בחשד להסתה נגד ערבים. זאת למרות עמדת היועץ המשפטי כי הליך פלילי עלול להגביר את השפעת "ההסתה".
הרב הצהיר והתנצל והתיק בוטל הדברים נחשפו בהחלטה של בית המשפט העליון (יום ב', 16.3.09)לדחות עתירה של התנועה הרפורמית להורות ליועץ המשפטי לממשלה להעמיד לדין את הרב אליהו בגין התבטאויות "חדשות" נגד ערבים וכן "להחיות" תיק פלילי באותו נושא אשר נסגר. השופטים, נשיאת בית המשפט העליון דורית ביניש, המשנה לנשיאת בית המשפט העליון אליעזר ריבלין, והשופטת אילה פרוקצ'יה, קבעו כי אין עילה להתערב בשיקולי מזוז בפרשה.
הם ציינו כי ביטולו של התיק הפלילי נגד הרב, מהלך אותו יזמו היועץ מזוז ופרקליט המדינה, ואף זכה להסכמת בית המשפט, בא לאחר הצהרה של הרב אליהו, המיוצג על-ידי עוה"ד דב פרימר ואביעד הכהן, לפיה הוא "מסתייג באופן ברור ונחרץ" מהדברים שבאו מפיו וכי "לא התכוון לפגוע באוכלוסיית הערבים ככזו אלא במיעוט התומך בטרור בלבד".
בנוסף להצהרה פרסם הרב גם התנצלות בפני מי שנפגע מדבריו והוסיף דברים לגבי "חשיבות כבוד האדם לפי היהדות וקרא לשלום ולאחווה בין היהודים והערבים".
היועץ חשש מהשפעת הרב השופטים הוסיפו כי למעשה, היועץ המשפטי העדיף את הצהרת הרב אליהו שפורסמה בתפוצה נרחבת, התנצלותו וקריאתו למתינות, על פני ניהול הליך פלילי. זאת מאחר שסבר כי "התנצלות כזו עשויה להיות בעלת משקל רב אף יותר מאשר ניהול הליך פלילי שבו עלולה להתעצם השפעתן של התבטאויות נשוא כתב האישום".
יתרה מכך, היועץ המשפטי החליט שלא להעמיד את הרב אליהו לדין בגין "התבטאויות חדשות" בשל קשיים ראייתיים. "חלק מההתבטאויות הכלולות בעתירה, גם אם צורמות הן לאוזני חלק גדול מהציבור, קיים ספק רב אם באות הן בתחום המשפט הפלילי ששמור מטבע הדברים ובמיוחד בהקשר של גבולות השיח הציבורי - למקרים קיצוניים ביותר".
יחד עם זאת, מעידכון של הפרקליטות במהלך הדיון, לפיו הורתה לאחרונה למשטרה לפתוח בחקירה חדשה בעניינו של הרב אליהו, השופטים קבעו כי אין מקום להתערבותם. הם הוסיפו כי מההחלטה לפתוח בחקירה ניתן ללמוד כי "פרשת התבטאויותיו של הרב שמואל אליהו אינה מוזנחת אלא מטופלת מעת לעת בהתאם לשיקולי התביעה ומדיניותה. ניכר כי גם ידה של העותרת - התנועה הרפורמית, 'מונחת על הדופק', היא עוקבת אחרי התבטאויותיו של הרב אליהו ופניותיה עד כהן ליועץ ולפרקליט המדינה לא הושבו ריקם".
