הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף אביחי מנדלבליט, הורה למשטרה הצבאית החוקרת לחקור את העדויות על התנהגות פסולה, לכאורה, של חיילי צה"ל במבצע עופרת יצוקה.
הבדיקה נפתחה רק הבוקר (יום ה', 19.3.09), עם העלאת הנושא בתקשורת, וזאת למרות שראש המכינה הקדם-צבאית ע"ש רבין, דני זמיר, שלח לרמטכ"ל את המכתב ובו העדויות של בוגרי המכינה שהשתתפו בלחימה בעזה, כבר לפני שלושה שבועות.
בצה"ל מודים כי הפצ"ר עודכן בנושא רק הבוקר, אך ציינו כי לפני מספר שבועות העביר ראש המכינה, מכתב כללי ללשכת הרמטכ"ל, בו העלה טענות כלליות ששמע מחיילים בעת מפגש שהתקיים במכינה. עם קבלת המכתב, ולאור האופי הכללי של הטענות שפורטו בו, הועבר הנושא לטיפולו של קצין החינוך הראשי, תת-אלוף אלי שרמייסטר. קצין החינוך הראשי נפגש עם ראש המכינה, סקר בפניו את האופן בו נבדקים אירועים מבצעיים וערכיים בצה"ל והמשיך לטפל בנושא מול המפקדים.
החיילים סיפרו על התנהגות בלתי-ראויה של חיילים אחרים כלפי פלשתינים, על ירי בלי הצדקה ועל השחתת רכוש. גורמי צבא אמרו כי תלונות מן הסוג הזה לא הגיעו לשום מפקד בצה"ל.
לפני כחודש פנתה הכתבת הצבאית כרמלה מנשה לדובר צה"ל, וביקשה תגובה על אירועים חריגים שהיו במבצע בעזה ובכלל זה אירוע הירי בשוגג אל אזרחים פלשתינים, הכלול גם במכתבו של דני זמיר. דובר צה"ל השיב אז כי אינו יודע על אירוע כזה או על אירוע חריג אחר לאחר שבדק את העניין בכל יחידות הצבא.
זמיר אמר מצידו כי אינו מתכוון למסור לצבא שמות של חיילים שהיו מעורבים לכאורה במעשים הפסולים או מידע אחר מעבר לתמלילי העדויות.
שר הביטחון, אהוד ברק, אמר כי למדינת ישראל יש את הצבא המוסרי בעולם, מהרמטכ"ל ועד אחרון החיילים, ועם זאת זה לא אומר שאין חריגים.