עו"ד נחום לנגנטל, המשמש יועץ שרת החינוך לפרסי ישראל, נטל חלק מרכזי בתהליכי בחירת ועדת השופטים, וזו בחרה, בסופו של דבר, להעניק למכון הישראלי לדמוקרטיה את פרס ישראל לשנת תשס"ט על מפעל חיים.
בוועדת השופטים חברים: פרופ' יעקב פרנקל, יושב-ראש; פרופ' אלה בלפר; אלוף (מיל.) יאיר נוה; עו"ד לנגנטל, והממונה על פרסי ישראל, חיה הורביץ, אינם נחשבים חברים בוועדה, אך מתפקידם להביא בפני הוועדה את רשימת המועמדים, ולאשר את הבחירה, בחתימת קיום.
מהפרס היוקרתי נהנה במיוחד ד"ר אריק כרמון, שהקים את המכון בראשו הוא עומד כבר 18 שנים. כרמון מיודד עם לנגנטל במשך שנים רבות והוא שקבע ודאג לתשלום שכרו.
לנגנטל שימש כאמור, בתוקף תפקידו, כיועץ שרת החינוך יולי תמיר לפרסי ישראל. הוא חב אמונים למשרד החינוך בכלל ולשרת החינוך בפרט. על-אף הזיקה הברורה שיש לו כלפי המכון, הוא לא נמנע מלפסול עצמו - גם כאשר על הפרק הוצגה מועמדות המכון לקבל פרס למפעל חיים, לצד עשרות מועמדים נוספים.
לנגנטל שימש מינואר 2007 ועד ינואר 2009 מטעם המכון בתפקיד ראש המועצה הציבורית העוסקת בדמותה היהודית והדמוקרטית של המדינה. בשל תפקידו/פעילותו הוא קיבל שכר קבוע (ריטיינר) בסכום של 7,000 ש"ח לחודש. סמוך להצגת מועמדות המכון בפני הוועדה הוא הפסיק את פעילותו במכון, אך מטבע הדברים, זיקתו למכון לא נמוגה.
הנהלת המכון מסרה: "עו"ד לנגנטל אינו עובד המכון הישראלי לדמוקרטיה, אלא קיבל ריטיינר עבור יעוץ וקידום יוזמות של המכון, לפתרונות בעיות העוסקות בסוגיות של דת ומדינה מתאריך 1.1.2007. לבקשת עו"ד לנגנטל בחודש ינואר הופסקה ההתקשרות עמו".
לנגנטל מסר ל-News1 בתגובה, כי הוא לא עסק כלל וכלל בהתייעצויות של הוועדה ובבחירה למי ליתן את פרס ישראל. תפקידו, הוא ציין, הוא להמליץ בפני שרת החינוך מי יהיו חברי ועדת השופטים. לנגנטל הדגיש, כי חברי הוועדה מקבלים את רשימת המועמדים ומתוכה הם בוחרים ומחליטים במי לבחור, וכי תפקידו כיועץ ותפקידה של הממונה על פרס ישראל הוא לוודא שוועדת השופטים פועלת על-פי התקנון וכי ההחלטות מתקבלות פה-אחד. "אני לא משתתף בדיון, אני לא מביע דעה" - אמר לנגנטל.
חותמו של המכון בנימוקי הוועדה על החלטתה להעניק את הפרס למכון נאמר, בין היתר (ציטוט):
"המכון הישראלי לדמוקרטיה הוא כיום המוקד בעל ההשפעה המקצועית והציבורית הרבה ביותר על השיח החוקתי והדמוקרטי בישראל. הוא נתפס על-ידי הסקטורים השונים בחברה הישראלית כגורם שקנה סמכות לקיים דיאלוגים במוקדי השסעים של החברה הישראלית.
"חותם עבודת המכון ניכר בחקיקת הכנסת, ברפורמות מבניות ברשות המבצעת וכן בתוכניות לימודים על יסודיים וגבוהים. במהלך 18 שנות קיומו ביסס המכון, בהנהגתו של ד"ר אריק כרמון, את תוכניותיו ופעולותיו על גבי התפר שבין עולם מעצבי המדיניות, הפוליטיקאים הנבחרים לבין עולם הרעיונות והדעות. במשך השנים פיתח המכון אשכול של פרויקטים שהבולטים בהם כנסי קיסריה לכלכלה, פורום ראש הממשלה, פורום "צבא-חברה" וגולת הכותרת מפעל החוקה בהסכמה".
