המשבר בחברות התעופה לא פסח על החברה הלאומית. אל על מסכמת (יום ד', 25.3.09) את שנת 2008 עם הפסד שנתי של של 38.8 מיליון דולר. אשתקד סיימה אל על את השנה עם רווח נקי של 44.8 מיליון דולר.
ההפסד התפעולי הסתכם ב-1.6 מיליון דולר, לעומת רווח תפעולי של 94.7 מיליון דולר בשנה המקבילה אשתקד.
הכנסותיה של החברה הסתכמו בכ-2.1 מיליארד דולר לעומת 1.93 מיליארד דולר אשתקד - גידול של כ-9%. הגידול בהכנסות נובע בעיקר מעלייה של כ-12% בהכנסות מנוסעים, וכן גידול של כ-34% בהכנסות אחרות כגון מכירת מוצרים פטורים ממכס. ההכנסות ממטען קטנו כתוצאה מפעולה יזומה של החברה להפסקת פעילות מטוסי המטען למזרח.
ההון העצמי של החברה הידרדר אף הוא והסתכם ב-161 מיליון דולר ב-2008, לעומת 319 מיליון דולר נכון לסוף 2007. הקיטון בהון העצמי של החברה, נובע בעיקר מקיטון בקרן הון בגין גידור תזרימי מזומנים כתוצאה מירידה בשווי ההוגן של עסקות גידור דלק סילוני, ושערי ריבית שמוכרים חשבונאית כעסקות הגנה בסך של 119.9 מיליון דולר, וכמובן מההפסד בשנת 2008.
אל על אף הודיעה כי היא מסיימת את שנת 2008 עם כ-180 עובדים פחות במצבת עובדיה, מאשר בשנת 2007.
באשר לרבעון הרביעי, דיווחה אל על כי ההפסד הנקי בו הסתכם ב-9.4 מיליון דולר, לעומת הפסד של 5.3 מיליון דולר ברבעון הרביעי אשתקד. ההכנסות ברבעון הסתכמו ב-465.3 מיליון דולר, ירידה של כ-11% כתוצאה מירידה בהכנסות נוסעים ומטען.
האשמות בהפסד: עסקות גידור על דלק סילוני בחברה תולים את ההפסד במחירי הנפט הגולמי שהאמירו עד לשיא של כ-147 דולר לחבית במהלך חודש יולי 2008, כאשר החל מנקודה זו החלה ירידה תלולה ופתאומית עד לכ-33 דולר לחבית באמצע דצמבר. הירידה במחיר הדלק הסילוני, מסבירים באל על, תרמה לקיטון הוצאות הפעלת הטיסות, אך בהיות החברה מגודרת על-פי מדיניות גידור ארוכת טווח, בדומה לרוב החברות האחרות בתחום התעופה, המחיר האפקטיבי שהחברה נאלצה לשלם בהתחשב גם בתשלומי הגידור היה גבוה ממחיר הדלק הסילוני בשוק. במהלך שנת 2008 עלו מחירי הדלק הסילוני בשוק בממוצע בכ-43% ביחס למחירי שנת 2007. לאור האמור, הוצאות החברה בגין הדלק הסילוני עלו בכ-45% והסתכמו ב-771.2 מיליון דולר.
"במהלך השנה השקענו ברכוש קבוע בסך של כ-165 מיליון דולר ופרענו הלוואות לזמן ארוך בסך של כ-65 מיליון דולר. החברה נוקטת בכל הפעולות המתחייבות מהמצב החדש של המשבר הפיננסי העולמי ומתאימה את עלות הקיום שלה להכנסותיה כך שבתום המשבר נהיה ערוכים טוב יותר להתמודדות מתוך בסיס יציב וחזק", אמר סמנכ"ל הכספים של החברה, ניסים מלכי.
בגלל התוצאות: רומנו מוותר על חלק מהבונוס חיים רומנו, מנכ"ל אל על, הודיע בעקבות התוצאות כי הוא מוותר על כ-1.25 מיליון שקלים, שהינם כ-30% מסך המענק לו היה זכאי על-פי הסכם ההעסקה. הוויתור מסתכם ב-20% מהשכר ברוטו ומהמענקים להם היה זכאי בגין שנת 2008. רומנו ייאלץ, אם כן, להסתפק במענק של יותר מ-2.5 מיליון שקלים עבור השנה ובעלות שכר כוללת של כ-5 מיליון שקלים.
הוויתור הינו בנוסף להודעתו של רומנו מה-21 בינואר השנה, כי הוא מוותר על 15% מהשכר השנתי הכולל אותו הוא יהיה זכאי לקבל מאת החברה בגין שנת 2009 (למעט הפרשות ותנאים סוציאליים). הוויתורים נעשו על-רקע המשבר הכלכלי העולמי והמציאות בשוק.