בר-און כיהן בתפקיד שר האוצר במשך שנה וחצי בלבד, ועבר אליו ממשרד הפנים לאחר שהשר הקודם, אברהם הירשזון, השעה עצמו מתפקידו בעקבות חקירת המשטרה לגביו. תקופתו של בר-און כשר האוצר תיזכר לא מעט דווקא בזכות החיכוכים המרובים שלו עם ראש הממשלה היוצא, אהוד אולמרט, בעיקר על-רקע משבר השכר בבנק ישראל. בעוד אולמרט תמך ללא סייג בנגיד, בר-און תמך במאבק הממונה על השכר באוצר, אלי כהן, שדרש לפתוח הסכם עבודה חדש. בר-און היה זה שוויתר ראשון בקרב הזה, כאשר איום התפטרות מרומז של פישר גרם לו לסגת. כהן עצמו סירב לחתום על הסכם השכר החדש ובר-און חתם עליו במקומו. ביוני 2008 הכריז בר-און על המשך הרפורמה המתוכננת במס-הכנסה, אותה התחיל הירשזון. בר-און הודיע כי יופחתו שיעורי המס על יחידים; תמשיך הפחתת שיעורי המס על חברות; תינתן רבע נקודת זיכוי נוספת לכל תושב ויבוטל הפטור ממס הכנסה לקרן השתלמות. בר-און ייזכר אולי יותר מכל בזכות תוכנית ההאצה למשק שהשיק משרדו בנובמבר 2008, בת 22 מיליארד השקלים, כאשר היה ברור גם לקברניטי המשק כי עצימת העיניים מהמשבר הגלובלי לא סייעה, וכי הוא עומד לפקוד במלוא עוזו גם את המשק הישראלי. התוכנית הייתה פרי שיתוף פעולה של כל בכירי האוצר והיא כללה סיוע לשוק ההון, כמו גם רשת ביטחון לחסכונות הפנסיוניים של אזרחי ישראל. האוצר טען כי התוכנית היא רק חלק משלל תוכניות מגירה לכל תרחיש. לא מעט ביקורת נמתחה על התוכנית מאז, בעיקר על כך שאינה מספקת ו/או אינה פועלת. הישג של בר-און, שעבר בקלות יחסית, מיוחס לחלקו בחתימת הסכם שכר במגזר הציבורי ל-10 השנים הבאות כמו גם אישור משרדו לרפורמה בחינוך באמצעות תוכנית "אופק".