ראש הממשלה, בנימין נתניהו, הגיב (ה', 2.4.09) על הפיגוע הרצחני ביישוב בת עין ואמר כי הוא רואה אותו בחומרה רבה.
בהודעה ראשונה של לשכת ראש הממשלה, אשר פורסמה שעות רבות לאחר הפיגוע, נאמר כי במהלך היום כולו קיבל נתניהו עידכונים על הפיגוע ועל המצוד שעדיין מתנהל אחרי המחבל.
את העידכונים מסר לראש הממשלה מזכירו הצבאי, תת-אלוף מאיר כליפי, במהלך היום כולו ובפגישה שקיים נתניהו עם שר הביטחון, אהוד ברק.
"נתניהו ציין כי הוא רואה בחומרה רבה את הפיגוע והוא הנחה את גורמי הביטחון לעשות כל מאמץ כדי ללכוד במהרה את הרוצח", נאמר בהודעת לשכת ראש הממשלה.