שר התחבורה ישראל כץ החליט למנות את רב-גונדר (בדימ.) יעקב גנות למנכ"ל משרד התחבורה. גנות משמש ראש מינהלת ההגירה במשרד הפנים ומילא בעבר תפקידים בכירים במשטרה. גנות הודיע לשר הפנים אליהו ישי על החלטתו להיענות להצעת שר התחבורה.
גנות צפוי להחליף את המנכ"ל היוצא, גדעון סיטרמן, שהודיע לפני כשבועיים על רצונו לפרוש. הוא אינו מינוי מקצועי, והועדף על פני שני מועמדים אחרים לתפקיד מתחום התחבורה - עמוס עוזאני, לשעבר מנכ"ל נמל חיפה ומנכ"ל רכבת ישראל, ואריה בר, המכהן כיום כמנכ"ל משרד הפנים, אשר שימש מנכ"ל משרד התחבורה בקדנציה הקודמת של מאיר שטרית.
יעקב גנות, לעומתם, כיהן בעבר כמפקיד משמר הגבול ונציב שירות בתי הסוהר. הוא הסכים לקבל את התפקיד. בלשכת שר התחבורהאמרו כי נבחר בשל נסיונו בניהול פרויקטים גדולים, בקידום רפורמות ובזכות תפקידים רבים שביצע.
שמו של המנכ"ל הוזכר בשנת 2007 כמועמד פוטנציאלי לתפקיד מפכ"ל המשטרה. הוא הסיר לבסוף את שמו בשל ביקורת ציבורית על מעורבותו לכאורה בפרשת שוחד. מח"ש החליטה בשנת 1994 להעמידו לדין בגין קבלת שוחד וטובות הנאה. אולם מחמת הספק הוא זוכה בבית המשפט המחוזי ובעליון, לא לפני שספג ביקורת חרפה מהשופטים על התנהלותו בפרשה.
