במרכז השלטון המקומי מביעים כעס רב בעקבות הקיצוצים בתקציב, והחשש מפני ירידה בהישגי מערכת החינוך בפריפריה והגדלת מעגל האבטלה.
במפגש ראשי רשויות מהפריפריה, אמר (יום א', 19.4.09) יו"ר מרכז השלטון המקומי, שלמה בוחבוט, כי "מאות מיליוני שקלים שהובטחו ליישובים באזורי העדיפות הלאומית, על-פי החלטת ממשלה - ירדו לטימיון. כ-1,400 מורים יאלצו להצטרף למעגל האבטלה הגדל והולך בפריפריה. אחוזי הזכאות לבגרות יירדו ותושבים רבים ייפגעו. בג"צ בפסיקתו קרא שלא לפגוע ביישובי הפריפריה אלא לחזק את המגזר הערבי וההחלטה הזו היא עיוות הדין".
הרקע לדבריו של בוחבוט קשור להחלטה של משרד החינוך לקצץ מתקציב יישובי הפריפריה מאות מליוני שקלים. את החלטתו נימק המשרד במניעת אפלייה בין המגזר היהודי לערבי ומתוך רצון להשוואת תנאים.
עוד הוסיף בוחבוט כי "אנחנו נילחם בהחלטה האווילית הזו. אנו קוראים למערכת החינוך להחזיר את התקציבים המגיעים ביושר ולא להביא על עצמה עוד כשלונות. אנחנו ברשויות המקומיות רואים את החינוך בראש סדר העדיפות הלאומי".
המשמעות של ביטול הגדרת "אזור עדיפות לאומי" היא קשה: פיטוריהם של כ-1,400 מורים, ביטול ההסעות לבתי ספר מרוחקים וביטול מוחלט של סבסוד גני "טרום חובה" בפריפריה.
בוחבוט ציין כי ידם של הורים רבים באזורים הללו המשתכרים שכר מינימום, אינה משגת לכדי מימון גן טרום חובה וכך, לילדים רבים לא תהיה מסגרת וכ-370 גננות וכ-370 סייעות יפוטרו.
לאלו מצטרף ביטול תמריצים למורים באזורי עדיפות לאומית. בג"צ קבע כי רק הכנסת יכולה להגדיר מהו "אזור עדיפות לאומי". משרד החינוך החליט לקצץ קיצוץ חד בתקציבם של יישובי הפריפריה במקום להגדיל את תקציב המגזר הערבי כדי למנוע את האפלייה המדוברת.