ערבים משכם חיללו את קבר יוסף בעיר. כתובות גרפיטי (כנראה טריות) של צלבי קרס בצמוד לקבר, כמו גם כתובות של חרב דוקרת מגן דוד עם טיפות דם נוטפות ומגף דורך עליו וכן כתובות נאצה נוספות נגלו לעיני כמה מאות ישראלים שהגיעו להתפלל במקום אמש.
גם הקבר עצמו חולל בצורה קשה. שוטרים פלשתינים רקעו ברגליהם בנעליהם על הקבר, ולאורך כל המצבה נראו סימנים עמוקים של טביעות נעליים צבאיות. בשני מקומות המצבה נותצה ורוסקה בפטישים.
ראש המועצה האזורית שומרון, גרשון מסיקה, שהיה בין ראשוני הנכנסים, התקשה להסתיר את זעזועו מהמראות הקשים. "רק ברברים מסוגלים לעולל דברים איומים כאלו", אמר. "אנשים שמסוגלים לחלל בצורה פתולוגית כזו מקום קדוש כל-כך אינם ראויים להיקרא בני אדם. מחבלי המשטרה הפלשתינית הוכיחו כי איבדו מזמן כל צלם אנוש. אוי לאומה המאפשרת לחלל כך שוב ושוב באין מפריע את סמליה והמקומות הקדושים לה ביותר". מסיקה קרא למדינת ישראל לחזור ולהשליט ריבונות על קבר יוסף.
בחנוכה שיקמו צה"ל ומתנחלים מהשומרון את מצבת הקבר, שנותצה ונשרפה לפני מספר שנים על-ידי הרשות הפלשתינית.
גם באגודת שכם אחד, הפועלת לכניסות המוניות ולחיזוק המקומות הקדושים בשומרון, הביעו את מחאתם: "מקומם כי כל כך הרבה פעמים, כשנכנסים לקבר יוסף ולקברי צדיקים נוספים בשומרון, מגלים שהם מחוללים פעם אחר פעם. זהו מצב שבלתי מתקבל על הדעת הדעת להשלים איתו. יש לתקן את המצב".
