משרד החוץ מבהיר (יום ג', 5.5.09) כי מדינת ישראל דוחה לחלוטין את הביקורת המופיעה בתמצית דוח ועדת החקירה המיוחדת של האו"ם וקובעת כי רוח הדוח ולשונו הינם מגמתיים, בלתי מאוזנים בעליל ומתעלמים מהעובדות, כפי שהוצגו בפני הוועדה. "הוועדה מעדיפה את עמדות החמאס, ארגון טרור רצחני, ובכך מטעה את הציבור בעולם", נמסר ממשרד החוץ.
עוד ציינו בכירי המשרד כי כפי שציין מזכ"ל האו"ם, באן קי מון, במכתבו למועצת הביטחוןן של האו"ם במהלך עבודתה נפגשה הוועדה עם הצוות הישראלי, ששיתף עימה פעולה באופן מלא ובשקיפות והציג בפניה חומר מודיעיני, לרבות סרטים, תצלומי אויר, עדויות וחומר אחר. "כאמור, כל אלה לא באו לידי ביטוי בדוח", הדגישו.
"ישראל מדגישה כי למרות העובדה כי היא נוקתה מהחשדות, שהועלו כנגדה בדבר פשעי מלחמה במהלך המבצע, הדוח מתעלם לחלוטין מההתקפות על ישראל במשך שמונה השנים, שקדמו להחלטה לצאת למבצע, ומתעלם מהמציאות הקשה, שהכתיב החמאס, ומשיטות הפעולה שלו. כארגון טרור בחר החמאס למקם את זירת הלחימה בתוך שטח בנוי וצפוף אוכלוסין ובכך לא רק שתקף במתכוון אזרחים ישראלים, כפי שאף מצוין בדוח, אלא גם סיכן את חיי האזרחים הפלשתינים והשתמש בהם "כמגן אנושי" באופן ציני ומניפולטיבי" ,אמרו והוסיפו כי צה"ל נקט בשורה של אמצעים, על-מנת להימנע מפגיעה במתקנים ובכלי רכב השייכים לאו"ם ולארגונים בינלאומיים אחרים.
"מתקנים אלה סומנו מראש על מפות הקרב בהתאם למידע, שנמסר ע"י האו"ם והארגונים הבינ"ל האחרים, והמפקדים והחיילים תודרכו בהתאם טרם ובמהלך המבצע. תמוהה העובדה כי הדוח אינו מטיל כל אחריות על ארגון החמאס, שמיקם את מתקניו ושלח את אנשיו להתעמת עם צה"ל בסמוך למתקני האו"ם. מצער כי דפוס לחימה זה ואחריות החמאס לפגיעות בישראל ובאזרחים פלשתינים כאחד לא זכו להתייחסות הראויה מצידם של כותבי הדוח".
גורמים מדיניים בכירים הוסיפו כי על האו"ם מוטלת החובה להפיק לקחים משלו ביחס לדרכים באמצעותן עליו להתמודד עם מציאות מורכבת בה ארגון טרור פועל בקרבת מתקניו ללא אבחנה ובאופן המסכן את פעילותו. "אנו מצפים מהאו"ם למעשים ולאמירות ברורות בהקשר זה", ציינו.