ערב הגשתו של דוח מבקר המדינה החצי-שנתי לכנסת, מתעוררת מחלוקת נדירה בין הכנסת למוסד מבקר המדינה. כתב בכנסת של חדשות 2, עמית סגל, חשף הערב (יום ג', 5.5.09) כי הכנסת - באמצעות היועצת המשפטית שלה, עו"ד נורית אלשטיין, הוציאה בימים האחרונים הוראה שלא לשתף פעולה ולא לענות לשום שאלה שעולה ממשרד מבקר המדינה בנוגע לחקירה אינטנסיבית שהוא עורך לאחרונה בכנסת המבקר, השופט 0בדימ.) מיכה לינדנשטראוס. על-פי הדיווח, בימים האחרונים פנה למשכן הכנסת מאיר גלבוע, יועצו של המבקר למאבק בשחיתות ציבורית, וביקש באופן רשמי לאשר כניסתם של מספר חוקרים שיבדקו פעילות מסויימת של הכנסת. היועצת המשפטית הודיעה כי היא מתנגדת לכך בתוקף. לטענתה, גלבוע עצמו אינו יכול לבדוק את העניין הזה, ואין לו שום סמכות לכך. בנוסף, לטענת גורמים בכנסת, הפרשות הללו כבר נבדקו, ולא ברור מדוע מבקר המדינה רוצה למחזר אותם. עוד נטען עוד כי לא בוצעה פנייה מסודרת לבצע את המהלך.

הכנסת: ההיתר לא הוסדר

מן הכנסת נמסר בתגובה: "בימים אלה עורכים אנשי מבקר המדינה ביקורת במספר נושאים הקשורים למנהל הכנסת, וכמו בעבר זוכים אנשי המבקר בשיתוף פעולה מלא מצד עובדי הכנסת. בשל חילופי תפקידים בכנסת (מינוי יושב-ראש כנסת חדש ומנכ"ל חדש), לא הוגשה בקשה ליושב-ראש הכנסת מטעם אנשי מבקר המדינה לקבלת היתר לערוך ביקורת בכנסת כמתחייב מהוראות חוק משכן הכנסת, רחבתו ומשמר הכנסת התשכ"ח-1968. משיוסדר ההיתר יוכלו אנשי מבקר המדינה להשלים את ביקורתם ככל שידרש. היועצת המשפטית של הכנסת הנחתה את עובדי הכנסת לעכב את המשך מסירת המידע עד להסדרת ההיתר על-פי החוק". במשרד מבקר המדינה לא הגיבו לידיעה.