אגף התקציבים במשרד האוצר לא הכין מסמכים על ניתוח כולל שנדרש בנושא הנטל העתידי על תקציב המדינה בגין תשלומי הפנסיה התקציבית. האגף אף לא צירף לדברי ההסבר להצעת התקציב לשנים 2008 ו-2009 מידע בנושא זה, והסתפק בתיאור היחס בין הגידול בהוצאה הפנסיונית ובין הגידול בתקציב המדינה בצירוף התחזית לגבי תשלומי הפנסיה התקציבית. כך עולה (יום ד', 6.5.09) מנתוני דוח מבקר המדינה.
בחוק מבקר המדינה נקבע, כי מדי שנה בשנה ימציא שר האוצר למבקר המדינה את מאזן זכויותיה והתחייבויותיה של המדינה למועד תום שנת הכספים שחלפה. בסוף מרס 2008 הגיש שר האוצר דאז, רוני בר-און, למבקר המדינה את הדוחות הכספיים של ממשלת ישראל ליום 31 בדצמבר 2007. לפי הדוחות הכספיים, יתרת ההתחייבות האקטוארית של המדינה לעובדיה בגין הפנסיה התקציבית בסוף שנת 2007 הייתה כ-388 מיליארד ש"ח. קצבאות עובדי המדינה במסגרת הפנסיה התקציבית משולמות מתקציב המדינה.
בחודשים אפריל עד ספטמבר 2008 בדק משרד המבקר את סדרי ההיערכות, הניהול, הדיווח והבקרה בנוגע לחבות הממשלה בגין הפנסיה התקציבית. הבדיקה נעשתה במשרד האוצר ובדיקות השלמה נעשו במשרד הפנים.
המבקר מצא כי תהליך המעקב אחר היקף הנטל העתידי שיוטל על תקציב המדינה בשל חבות הפנסיה התקציבית אינו שקוף, ולא התבצע תיעוד שלפיו אמורות להתקבל החלטות.
לפי בדיקת המבקר, משרד האוצר אינו רושם את צבירת הניכויים מהעובדים הזכאים לפנסיה תקציבית כהתחייבות של המדינה לעובד שממנו נוכו הכספים, כמתחייב בהוראות החוק. בדרך זו הניכויים מהעובדים הפעילים משמשים למימון חלק מההוצאה השוטפת על תשלום הגמלאות של כלל הפורשים.
הסכם הממשלה עם ההסתדרות נעשה ללא בדיקה של ועדה ציבורית באוגוסט 2007 החליטה הממשלה "להטיל על שר האוצר להקים ועדה ציבורית לבחינת סוגיית החבות האקטוארית של הממשלה וגופים ציבוריים אחרים ביחס לתשלומי פנסיה תקציבית". בהחלטה נקבע כי המלצות הוועדה יוגשו לשר האוצר לא יאוחר מה-30 לאפריל 2008. נכון למועד סיום הביקורת - ספטמבר 2008 - עדיין לא הוקמה הוועדה, וטרם יושמה החלטת הממשלה. באפריל 2008 חתמה הממשלה עם הסתדרות העובדים הכללית החדשה ועם גופים ציבוריים על הסכם מסגרת בדבר הצמדת קצבאות הפנסיה התקציבית למדד המחירים לצרכן במקום לשינויים בשכר, בלי שוועדה ציבורית בחנה את הדרכים להתמודדות עם היקף החבות, אף שהדבר נדרש בהחלטת הממשלה.
ליקויים נמצאו גם בתהליך חישוב סכום החבות האקטוארית, המתבצע באגף החשב הכללי; משרד האוצר טרם סיים את מיפוי הגופים שבשליטת הממשלה לצורכי דיווח כספי על-פי תקן החשבונאות הממשלתי ולכן הוא לא כלל את יתרת החבות האקטוארית של גופים אלה בדוחות הכספיים; תוצאת חישוב יתרת החבות האקטוארית בגין הפנסיה התקציבית של מערכת הביטחון ושל משרד החינוך אינה מבוססת על נתונים שנבדקו כראוי ובנוסף נמצא כי רוב ההוצאה על הפנסיה התקציבית מתוקצבת בסעיף תקציב "מינהלת הגמלאות" בתקנת תקציב אחת, והוצאותיו של כל אחד מגופי הממשלה בגין תשלומי הפנסיה אינן נרשמות בנפרד.
לאור הממצאים, ממליץ המבקר כי על אף שיתרת החבות האקטוארית של הממשלה מסתכמת במאות מיליארדי ש"ח, תהליך חישובה והבקרה עליה לוקים בחסר.
לדברי המבקר, "יתרת החבות האקטוארית אינה מדויקת ואינה שלמה. אין בידי משרד האוצר נתונים מלאים ומבוקרים על כל הגופים הציבוריים שבהם הונהגה פנסיה תקציבית אשר ייתכן שהמדינה תצטרך לממן". לדעת משרד מבקר המדינה, נוכח חשיבות הנושא והשפעתו על המשק ועל תקציב המדינה, ראוי ששר האוצר ינקוט את הצעדים הדרושים לקבלת נתונים מלאים ומבוססים לשם הצגתם לפני מקבלי ההחלטות בממשלה.