מדוח מבקר המדינה עולה תמונה קשה של ליקויים חמורים בניהול הטיולים במוסדות החינוך החרדיים, ליקויים העלולים להוביל לסיכון שלומם וחייהם של תלמידים. על אף זאת, אגף מוכש"ר (האגף הבכיר לחינוך המוכר שאינו רשמי), לא בחן אם די בפעולות ההסברה שנקט כדי למנוע את סיכון שלומם של התלמידים.
עוד עולה מהדוח, כי ועדות בדיקה שהוקמו בעקבות מקרי טביעה של תלמידים בשנים האחרונות, הצביעו על ליקויים בהתנהלות מוסדות החינוך של התלמידים ושל אגף מוכש"ר, אך ניסיונות להסדיר את הנושא לא עלו יפה.
בנוסף לכך, העלתה הביקורת סוגיות פדגוגיות הקשורות בטיולי בתי ספר שעל המשרד להתמודד עמן: יישום תוכנית הסיורים; מינוי רכזי טיולים בכל בתי הספר והכשרתם; הבטחת קיומן של תוכניות טיולים בבתי הספר ומעקב אחר יישומן ויישום החלטת הממשלה בדבר החובה לבקר בירושלים.
לדעת משרד מבקר המדינה, מן הראוי שהמשרד ישוב וידון בתשלומי הרשות של ההורים בעבור הטיולים ויתמודד עם הבעיה של עלות הטיולים, לאור קביעותיו שהטיול הוא חלק מתוכנית הלימודים ומרכיב מרכזי בתהליך עיצוב הנוער והקניית ערכים.
בין היתר, מציין המבקר שעל משרד החינוך ליישם את הנאמר בחוזה שחתם עם רשות הטבע והגנים, בכל הקשור לתכנון עבודת יחידת הפיקוח, יישום התוכניות ודיווח על פעילות הפקחים, לוודא שכל הפעילויות תואמות את הנאמר בחוזה, לבחון אם די במספר הבקרות המרבי שנקבעו לטיולים. בנוסף לכך, יש למנות רכזי טיולים ולהכשירם כנדרש ולהקים ועדת טיולים באגף מוכש"ר עבור מוסדות החינוך החרדי.