אופן יישומה של מדיניות הרבנות הראשית לישראל בנושא שמיטה, קביעת נהלים וקריטריונים לחלוקת התמיכות וכן מועדי התשלום של התמיכות ומחירי תוצרת למהדרין בשנת השמיטה נבדקו אף הם בדוח מבקר המדינה.
הממשלה הקציבה 103 מיליון ש"ח למימון ההיערכות לשנת השמיטה התשס"ח: 97 מיליון ש"ח תוקצבו בתקציב משרד החקלאות למימון תמיכה בחקלאים ולמימון תמיכה במוסדות ובמכונים המטפלים בעניינים הנוגעים לשנת שמיטה; ושישה מיליון ש"ח תוקצבו בתקציב משרד ראש הממשלה למימון התחייבויות הרבנות הראשית לטיפול במתן היתר לעבודת הקרקע והמסחר בשנת השמיטה באמצעות מכירת הקרקע לנכרי (היתר מכירה).
הביקורת העלתה כי אף שהסכום שהוקצב לשנת השמיטה התשס"ח היה גדול פי ארבעה מהסכום שהוקצב לשנת השמיטה הקודמת, להצעת ההחלטה על סכום התקציב לשנת השמיטה לא צורפו מסמכי רקע הכוללים תחשיבים כלכליים שיש להביא בחשבון במסגרת קביעת הסכומים שהוקצו לכל נושא במסגרת התקנות הייעודיות.
מועצת הרבנות החליטה, שלא לפי מדיניות הרבנות הראשית לדורותיה, לצמצם את הטיפול בהיתר המכירה, וכחלופה הקימה, לראשונה מטעמה, מערך של אוצר בית דין. הקמתו לא אושרה בממשלה או במסגרת רשמית אחרת ולא תוקצבה, ופעילותו מומנה מהתקציב שיועד לטיפול בהיתר מכירה; הרבנות אישרה התקשרות עם חברה פרטית בתור ספק יחיד לביצוע פרויקט השמיטה בלא שנערכה מבעוד מועד לפרסום מכרז לבחירת החברה.
משרד החקלאות והמשרד לשירותי דת לא נערכו מבעוד מועד, ולכן הקריטריונים למתן התמיכות פורסמו במהלך שנת השמיטה ובסופה, והדבר גרם לעיכוב בהעברת התמיכות לזכאים ולפגיעה ביכולתם של משרדים אלה לבצע בקרה על העמידה בקריטריונים למתן התמיכות.
סקר מחירים שעשה משרד מבקר המדינה העלה כי מחירי התוצרת למהדרין גבוהים בכ-66% בממוצע ממחירי אותה תוצרת שנמכרת לפי היתר מכירה, וכי אף שניתנו תמיכות לחקלאים המשווקים תוצרת למהדרין והטבות מס ליבואני תוצרת חקלאית, לא הובטח שמחירי התוצרת יהיו דומים למחירי השוק לצרכן.
בפרק ההמלצות נכתב כי כדי למנוע בזבוז כספים או מחסור במשאבים כספיים, על הממשלה לקבל מידע מקיף על ההצעה המובאת לאישורה, ובכלל זה תחשיבים כלכליים וניתוח השפעות כלכליות ומשקיות.
נקבע כי על הרבנות הראשית לפעול לתכנון ולתקצוב של ההיערכות הנדרשת לשנת שמיטה ולביצועה מבעוד מועד, שבמסגרתם ייקבעו הגוף המבצע, אופן הביצוע, לוחות זמנים ונהלים; כמו-כן עליה לגבש פתרונות לסוגיות הלכתיות ומשפטיות בנושא ולספק לחקלאים מידע כולל על האפשרויות העומדות בפניהם ועל ההסדרים הנהוגים בשנת השמיטה. כמו-כן בהתחשב בכך שהרבנות הראשית שינתה את המדיניות שהייתה נהוגה ממועד הקמת המדינה ושעליה הסתמכו חקלאים וצרכנים והפעילה לראשונה אוצר בית דין מטעמה; ושאוצרות בית דין פרטיים כבר פועלים וממלאים לכאורה את צורכי האוכלוסיה שמקפידה לצרוך תוצרת למהדרין, היה עליה לבחון על-פי כללי מינהל תקין אם מהיבטים מינהליים ועל-פי שיקולים כלכליים נחוץ להקים אוצר בית דין שכזה.
על משרד החקלאות והמשרד לשירותי דת לקבוע לקראת שנת השמיטה נהלים וקריטריונים למתן תמיכות כדי לצמצם פגיעה אפשרית בחלוקת התמיכות, וכדי שיהיה אפשר לעשות בקרה בזמן אמת על הנתונים שצוינו בבקשות לתמיכה.
על משרד החקלאות לדאוג לכך שהתמיכה תינתן רק לחקלאים שמשווקים את תוצרתם באמצעות מערך שיווק של אוצר בית דין ושהכנסותיהם מהתוצרת לא כיסו את הוצאות הייצור. כמו-כן, ראוי שוועדת השמיטה הממלכתית תיתן את דעתה על הפערים הגדולים בין מחירי התוצרת למהדרין ובין מחירי השוק, כדי שגם ציבור צרכני המהדרין יוכל לקנות תוצרת במחירים דומים למחירי השוק.
