עמותת דורות ההמשך - נושאי מורשת השואה והגבורה קראה היום לציבור הנהגים ברחבי הארץ לצפור מחר (יום ב', 11.5.09) בשעה 18:00 צפירת מחאה קצרה נגד ביקור האפיפיור. "בצפירה קצרה יביעו אזרחי ישראל מכל רחבי הארץ שאט-נפש מביקורו של האפיפיור המעודד מכחישי שואה וגילויי אנטישמיות", אמרו בעמותה.
העמותה מתכננת צעדים נוספים בעת ביקורו של האפיפיור, כחלק ממסע ציבורי שיזמה בעקבות התנהלות האפיפיור. בין היתר ציינו בעמותה את קריאת האפיפיור למדינות העולם להשתתף בוועידת דרבן בה נאם נשיא אירן ואי-נטישת נציג הוותיקן בעת הנאום, נכונות הכנסייה להשיב לחיקה הגמונים מכחישי שואה ולהעדיף את אחדות הכנסייה על האמת ההיסטורית ורגשות העם היהודי, המהלך להפיכת פיוס ה-12 - האפיפיור שעמד מנגד בעת השואה - לקדוש.
השר לשירותי דת תובע הכחשת שואה גם במערכת הפוליטית יש גילויי מחאה. השר לשירותי דת, יעקב מרגי, שיגר מכתב לאפיפיור ובו כתב כי בישראל מצפים ממנו להוקיע בקול ברור את מכחישי השואה והאנטישמים, אשר מקצתם חוסים תחת צילו של הכס הקדוש או מאמינים בדרך אותה מייצגת הכנסייה. לדברי מרגי, הביקור המתוכנן ביד ושם יעניק בימה הולמת לדבר.
חבר הכנסת דני דנון (ליכוד) כתב לניר ברקת כי לאור דרישת הוותיקן להסיר את ראש עיריית ירושלים מרשימת הדוברים, עליו להתעקש על נוכחותו באירוע לכבוד האפיפיור. לא ייתכן כי האפיפיור 'ימחק' את קיומה של מדינת ישראל. מדינת ישראל לא צריכה להתכופף בפני איש, ובטח שלא בפני האפיפיור שמייצג דת שרדפה את העם היהודי במשך דורות. עלינו לכבד את האפיפיור, אך רצונו להתעלם מהעובדה שמדינת ישראל היא מדינתו הריבונית של העם היהודי וירושלים היא בירתנו - הוא הגזמה. "כדאי לאפיפיור בנדיקטוס ה-16 לצאת מחשכת ימי הביניים ולהכיר בכך שהעם היהודי שב לארצו. אני מקווה שדרכו של האפיפיור במהלך ביקורו בארץ תהיה רצופה בדגלי כחול-לבן של מדינת ישראל".
חבר הכנסת מיכאל בן-ארי (איחוד לאומי) אמר כי האפיפיור מוכיח כי הוא מתחבר לגרועים שבאויבים. בן-ארי הודיע כי יחרים את קבלת הפנים הממלכתית בבית הנשיא. "אני חש שבשעה זו, טבוחי האינקוויזיציה ומסעי הצלב מגורשי ספרד ושאר היהודים שנטבחו בשם 'חרב האהבה', מצפים מאיתנו לשמור על כבודם, ולא להחניף למי שעושה מעשה זמרי ומבקש שכר כפנחס", דבריו.