בטקס שהתקיים באוהל יזכור במוזיאון יד ושם נמנע האפיפיור כי השואה אירעה לעם היהודי וכי הנאצים היו אלה שרצחו 6 מיליוני יהודים במהלך מלחמת העולם השניה. "היהודים נהרגו בשואה". עם זאת ציין כי אין לתת להכחשת השואה לגדול. "אסור להכחיש את השואה, אסור לגמד אותה או להקטין את ממדיה". עוד הוסיף כי כמו שהכנסייה חשה בימי השואה חמלה כלפי קורבנות השואה כך היא חשה חמלה כלפי קורבנות הרדיפה של היום. יו"ר מועצת יד ושם, הרב ישראל מאיר לאו, אמר בתגובה כי הופתע והתאכזב קשות מדברי האפיפיור. הדברים הם מילים יפות מתובלות בציטוטים אך לא הובעה כאן תחושת צער אישית. "היהודים נרצחו בשואה. הם לא נהרגו אלא נרצחו במיתות שונות ומשונות", אמרו והוסיפו כי היהודים לא נרצחו על-ידי סתם עוברי אורח אלא על-ידי הנאצים. "אין כאן מילה אחת של השתתפות בצער ושל כאב על ששת מיליון הקרבנות. במקום נרצחו כמו שאמר האפיפיור הקודם הוא אמר שהם נהרגו. עם זאת היה זה נאום חשוב כי הוא אמר שאסור להכחיש את השואה, אסור לגמד אותה או להקטין את ממדיה", ציין. לאפיפיור המתינו בפתח אוהל יזכור נשיא המדינה שמעון פרס, יו"ר הכנסת ראובן ריבלין ויו"ר מועצת יד ושם הרב הראשי לשעבר הרב ישראל מאיר לאו. בפתח הטקס בירך האפיפיור שישה ניצולי שואה וחסיד אומות העולם החי בישראל. בדבריו התייחס האפיפיור לזכרון קרבנות השואה: "ונתתי להם בביתי ובחומותי יד ושם. שם עולם אתן לו אשר לא יכרת. פסוק זה מכיל שתי מילים המביעות את החשיבות של המקום הזה. באתי לעמוד דומם בזכרון בגלעד שהוקם לזכר מיליוני קורבנות השואה. הם איבדו את חייהם אך לא איבדו את שמם. יותר מכל שמותיהם חקוקים בזכרונו של האל הכל יכול. יכולים לגזול את חירותו של אדם לעולם לא יוכלו לגזול את השם של אדם אחד. לשמות החקוקים באתר הנצחה מקודש זה תמיד יהיה מקום בלבותיהם של בני אברהם", אמר. בסיום הביקור חתם בספר האורחים של יד ושם וכתב את הפסוק: "כי לא כלו רחמיו".