בכנסיית הבשורה בנצרת התקיימה (יום ה', 14.5.09) פגישתם של ראש הממשלה בנימין נתניהו ובנדיקטוס ה-16. בפגישה בין השניים גילה האפיפיור בכתביו של פרופ' בן ציון נתניהו, אביו של ראש הממשלה.
"הוא יודע שאבי כתב על שורשי האינקוויזיציה, וזה כמובן קשור בשאלות תיאולוגיות מסוימות", סיפר נתניהו בשיחה עם יגאל רביד (ערוץ 1). "אבל הוא הופתע מאוד לשמוע שהיכרתי את מורהו של אבי, פרופסור קלאוזנר, שכתב את אחד הספרים היסודיים שהוא הכיר אותו ומעריך אותו מאוד על התפתחות הנצרות. סיפרתי לו שכילד הייתי מגיע לביתו של קלאוזנר ולימים קראתי את ספריו. אני חושב שהוא התפלא. אני לא בטוח שהוא פוגש תופעה כזאת כל יום, אבל זה בסיס להדוק הקשר עם הוותיקן, אדרבה".
לדברי ראש הממשלה, נפגש עם האפיפיור משלוש שסיבות: היותו מנהיג העולם הנוצרי המונה כמיליארד קתולים, הצורך להתפייסות אחרי המשקעים הרבים שבין הנצרות לאיסלאם, וכן כדי למשות תיירות צליינית לארץ - בעיקר מסיבות כלכליות. הוא הגדיר את הפגישה טובה וחשובה.
"ביקשתי מהאפיפיור, כדמות מוסרית, להשמיע את קולו בעוצמה וברציפות נגד ההצהרות שבאות מאירן על כוונתם להשמיד את מדינת ישראל. אמרתי לו שלא יכול להיות שבתחילת המאה ה-21 קמה לה מדינה שאומרת שהיא הולכת להשמיד את מדינת היהודים, ושלא יישמע קול חזק ותקיף שמגנה את התופעה הזאת. הוא אמר שהוא מגנה את כל התופעות האלה - את האנטישמיות ואת השנאה נגד מדינת ישראל ובאנושות בכלל, ואני חושב שמצאנו שם אוזן קשבת".
נתניהו גילה כי נציגי הכנסייה ביקשו ממנו כמה נושאים הנוגעים לבעיות אדמינסטרטיביות, והוא השיב להם כי נושאים אלו ייבדקו ברוח חיובית. בנושאים אותם פירט - ויזות, ביקורי סטודנטים ואיחודי משפחות. "אנו מתייחסים אליהם בכבוד אבל גם דואגים למדינת ישראל", אמר.
