בסנגוריה הצבאית מתכוונים לפנות לפרקליט הצבאי הראשי, אביחי מנדלבליט, בדרישה לפתוח בחקירה נגד אלוף פיקוד מרכז, גדי שמני, על כך שלטענתם הוא פועל לפגוע בהליך המתנהל בבית דין צבאי. אלוף שמני העיר הערה פיקודית למפקד חטיבת "כפיר", אלוף משנה איתי וירוב, בשל דברים שאמר בבית הדין הצבאי על התנהלות חיילי החטיבה בפעילות מבצעית ביהודה והשומרון.
אלוף-משנה וירוב, שפקודיו אומרים עליו כי מדובר באישיות ערכית ואנושית, העיד במשפטם של קצין וחייל המואשמים במעשי אלימות נגד פלשתינים. האלוף שמני אמר כי בנסיונו להסביר את ההקשר שבו פעלו הנאשמים, המעיט מפקד החטיבה בחומרתם של אירועים כאלה, ודבריו לא עלו בקנה אחד עם רוח צה"ל ועם הנהלים המחייבים את חיילי הצבא ומפקדיו.
האלוף שמני הדגיש כי אין להפעיל כוח נגד תושבים שכבר נעצרו וכי השמירה על כבוד האדם היא ערך מרכזי בצה"ל.
בסנגוריה הצבאית כי החלטתו של שמני לנקוט בצעד פיקודי נגד מפקד החטיבה על-רקע עדותו בבית הדין עלולה להטות את המשפט המתקיים בעניינם של קצין ולוחם המואשמים בתקיפת פלשתינים.
תושב קריית ארבע, נועם פדרמן, פנה לפרקליט הצבאי הראשי, וכתב אליו: "התנהלות שמני על פניה, מהווה לעניות דעתי עבירה על החוק, באשר יש בה שיבוש הליכי משפט כמו גם ניסיון הטיה של משפט. יש כאן שיבוש, שהרי אין ספק כי פרסום החלטתו של שמני משבשת את מהלכו התקין של המשפט בו העיד מח"ט כפיר. ניסיון הטיית משפט, משום שאין ספק כי חבר השופטים קרא על ההערה הפיקודית ואין ספק כי התערבות של אלוף בהליך השיפוטי עלולה להשפיע על החלטתם". הוא ביקש להורות על פתיחת חקירה כנגד האלוף שמני ועל העמדתו לדין בגין העבירות הנ"ל.