הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף אביחי מנדלבליט, החליט (יום ד', 11.6.09) לפתוח בחקירה פנימית שתבחן את התנהלות המשטרה הצבאית החוקרת בעניין החשדות נגד תת-אלוף משה (צ'יקו) תמיר.
הבוקר קבעו שופטי בית הדין הצבאי כי תת-אלוף תמיר, שהורשע בשיבוש הליכי חקירה, בהתנהגות בלתי הולמת ובשימוש ברכוש צבאי שלא למטרות הצבא לאחר שאישר לבנו הקטין לנהוג בטרקטורון צבאי, יורד בדרגה לדרגת אלוף משנה. מלבד ההורדה בדרגה נגזרו על תמיר גם מאסר על תנאי ופסילת רישיון הנהיגה למשך שלוש שנים.
בגזר הדין מתחו שופטי בית הדין הצבאי ביקורת חריפה על האופן שבו טיפלה המשטרה הצבאית החוקרת בפרשה. לדבריהם, היחס למקרה היה כאל תאונת דרכים ולא כאל מקרה בעל היבטים פליליים. בעקבות הביקורת החריפה הזאת התקבלה החלטתו של הפרקליט הצבאי הראשי לפחות בחקירה.
על חקירת התנהלות פרשת תמיר במשטרה הצבאית תהיה אחראית היחידה לחקירות פנים במשטרה הצבאית, היחידה המקבילה בצה"ל למחלקה לחקירות שוטרים, ומבוססת ברובה על חיילי מילואים ושבראשה עומד קצין במילואים בדרגת אלוף משנה המוסמך לבדוק חריגות בחקירות שבוצעו לכאורה על-ידי המשטרה הצבאית החוקרת.
טלפון חיזוק מהרמטכ"ל ממצאי החקירה יועברו ישירות לידי הפרקליט הצבאי הראשי וזה יחליט על המשך הצעדים הנדרשים בנושא. מי שבסופו של דבר יחליט האם לקבל את גזר הדין הוא הרמטכ"ל עצמו. רא"ל גבי אשכנזי התקשר לחזק את ידיו של תמיר, וקרא לו שלא להיחפז ולהסיק מסקנות פזיזות, קרי: שלא יפשוט את מדיו. גם שר הביטחון אהוד ברק התקשר לתמיר כדי לחזק את רוחו.
דובר צה"ל פנה לתקשורת וביקש כי תניח לחקור את הדברים כראוי. לדבריו, הגם שבית הדין קבע כי מתעוררות תהיות בנוגע להתנהלות גורמי החקירה, הרי שבית הדין בחר להדגיש, שיש לתת את האפשרות והזמן לבדיקה וחקירה מעמיקות, ואין מקום לקבוע כבר עתה את אחריותם של גורמי המשטרה הצבאית החוקרת, ובפסק הדין קבעו השופטים כי "כל שניתן לומר על התנהלות גורמי החקירה שהיא מעוררת סימני שאלה, ולו סימני שאלה קשים. לא לנו לרתום את העגלה לפני הסוסים ולחרוץ מסמרות נטועים לפני חקירה ובדיקה". הדברים נכונים באשר לחקירתו של תת-אלוף תמיר, ובוודאי שבאשר לכלל החקירות המבוצעות על-ידי מצ"ח.