בשלוש וארבעים לפנות בוקר (יוםש בת), לאחר שנספרו 68% מהקולות, הכריזה סוכנות הידיעות הרשמית של אירן שמחמוד אחמדינג’אד, הנשיא המכהן, הוא המנצח. אחמדינג’אד צבר 66% מן הקולות (כמעט 16 מיליון קולות), ומיר חוסיין מוסאבי פיגר אחריו עם 31% (כ7.5 מיליון קולות). מוחסיין רזאי צבר 470,549 קולות, 1.95%, ומהדי כרובי אחריו, עם 212,855 קולות, 0.88%.
נצחונו של אחמדינג'אד ברוב מוחץ הוכרז אמש זמן קצר לאחר הבחירות. כלי התקשורת הממלכתיים של אירן העריכו את תוצאות ההצבעה ונתנו לכך ביטוי דקות ספורות לאחר סגירת הקלפיות.
תוצאות הבחירות מהוות הישג עצום לאחמדינג'אד ולמדיניותו. הן הפתיעו מאוד את כלי התקשורת וממשלות רבות בעולם, שהעריכו בימים האחרונים כי מתנהל קרב צמוד בין אחמדינג'אד לבין מוסאווי.
היה זה המירוץ הצמוד ביותר שראתה אירן בשנים האחרונות. בוחרים רבים שבחרו להישאר בבית בבחירות האחרונות לפני ארבע שנים, ראו הזדמנות לתת את קולם למען שינוי. הקלפיות נשארו פתוחות עד חצות על-מנת לאפשר לכל הבוחרים לתת את קולם. ההערכה היא כי כ-80% מן האירנים השתפו הפעם בבחירות 2009.
בשעות הראשונות לאחר סגירת הקלפיות, הורגש ביטחון רב בשני המחנות. שני המנהיגים הכריזו על נצחון. הרפורמיסט, מיר חוסיין מוסאבי בן ה-67, אמר במסיבת עיתונאים מיד לאחר סגירת הקלפיות כי ניצח ביתרון משמעותי של 60-58 אחוזים מן הקולות. באותה עת, הכריז הנשיא המכהן מחמוד אחמדינג'אד על נצחונו, וטען ל-69% מתוך 5 מיליון הקולות שנספרו.
מוסאבי התלונן שחלו חריגות בתהליך הבחירה. הוא אמר שהיה מחסור בפתקי ההצבעה וכי זכות הבחירה נמנעה בשל כך ממיליוני אנשים. כמו-כן טען כי לא ניתנה מספיק גישה לפקחיו בעמדות ההצבעה, והוסיף כי יטפל, במידת הצורך, בכל סוג של מעשה רמייה.
טרם נודעו התוצאות ביום שישי, אמר נשיא ארה"ב ברק אובמה שמערכת הבחירות הצמודה באירן מעוררת בו תקווה. גישת הממשל האמריקני היא שהשיחות עם טהרן יתנהלו עם כל נשיא שייבחר. אובמה התייחס לנאום שנשא בקהיר לגבי התקווה לשינוי. "ברור שלאחר הנאום שלי בקהיר, ניסינו לשלוח מסר ברור שאנו חושבים שיש אפשרות לשינוי", אמר. "מה שאנו רואים באירן, כפי שראינו בלבנון, הוא שהאנשים מסתכלים על אפשרויות חדשות". עוד אמר שהממשל האמריקני מצפה לתגובה מטהרן להצעה שניתנה באפריל לחזור למו"מ בנושא הגרעין.
בבריסל, אמר שר ההגנה האמריקני, רוברט גייטס, ביום שישי כי הוא מאמין שוושינגטון מעוניינת לראות איזו מדיניות יאמץ הממשל האירני. "ללא קשר למי שייבחר, אנו נמתין לראות אילו מדיניות ינקוט אותו אדם", אמר. "זה פחות תלוי באישיות מאשר במדיניות אותה הוא נוקט".
אולם המומחים אומרים שלא משנה מי ינצח, את ההחלטות החשובות בנושאים כמו ההתחמשות הגרעינית או הקונפליקט הפלשתיני עושים לא מנהיגי הממשל, כי אם ההנהגה הדתית של אירן, ובראשה המנהיג הרוחני, האייטולה אלי-חמינאי.
האינטרנט שיחק זו הפעם הראשונה תפקיד מרכזי גם בבחירות באירן. רבים מתומכיו של מוסאבי שלחו זה לזה מסרים דרך טוויטר. "מחזיק אצבעות למחנה הירוק", נכתב באחד מהם.