דוח הביקורת של מבקר המדינה בעניין קו הרכבת המהיר לירושלים לא חידש דבר, אולם עלה לדיון (יום ג', 16.6.09) בוועדת הכנסת לביקורת המדינה. חלק מהדוברים חרגו מהנושא, באופן שבסופו של דבר הוחלט על דיון נוסף שיעסוק בנושא המרכזי - מי אחראי למחדל.
קולמוסים של דיו נשפכו על תקיעות הקו, שהתבטאה בהפרשים העצומים בין האומדן הראשוני של הפרויקט (3.18 מיליארד ביולי 2003) לבין האומדן הנוכחי (כ-7 מיליארד). הוועדה דורשת לקבל מכל המשרדים הרלוונטיים את שמות בעלי התפקידים שקיבלו את ההחלטות בפרויקט על-מנת לבחון את אחריותם האישית, ובמידת הצורך תעביר את מסקנותיה לבדיקת היועץ המשפטי לממשלה.
ח"כ עתניאל שנלר (קדימה) אמר כי הכשל הוא של כלל ממשלות ישראל. ח"כ אופיר פינס (העבודה) טען כי יש לחקור כיצד מתנהלים פרויקטים גדולים במדינה ותבע למנות ועדת חקירה פרלמנטרית לבחינת הנושא. תביעה זו לא התקבלה.
כפילות דיונים הרכבת המהירה לירושלים היא נושא מוגמר מבחינת מבקר המדינה, שבדוח רק המליץ לבדוק להבא בשבע עיניים כיצד צריכים להתנהל פרויקטים נוספים בעתיד. אבל את הוועדה לביקורת העבר אומנם מעניין, אך בעיקר העתיד. זאת, למרות שמי שעוסק בעתיד קו הרכבת לירושלים היא ועדת הכלכלה. הכפילות אינה ברורה: מדוע מקיימת הוועדה לביקורת את אותם דיונים בדיוק באותו נושא.