במדינת ישראל העיסוק בחקלאות אורגנית מוסדר בחקיקה. החוק האורגני והתקנות להסדרת תוצרת אורגנית נכנסו לתוקפם ב-01.09.08. החוק קובע את התנאים להבטחת ייצור נאות של תוצרת אורגנית והטיפול בה, לרבות מכירתה, וכן את תנאי ההסמכה של גוף אישור ובקרה, שתפקידו לאמת כי העוסקים בחקלאות אורגנית פועלים בהתאם לחוק ולתקנות.
לצורך יישום החוק, הקים מנהל השירותים להגנת הצומח ולביקורת, מינהלת הסמכה הפועלת על-פי תקן בינלאומי הקובע אמות מידה להסמכת גופי אישור ובקרה. משמעות החוק היא, שרק עוסק שקיבל היתר מגוף אישור ובקרה, שהסמיך מנהל השרותים להגנת הצומח ולביקורת, יוכל לסמן את תוצרתו בסמל הבקרה ובסמל האורגני האחיד של מדינת ישראל.
משרד הבריאות מדגיש כי סימון אורגני אינו מסר בריאותי, אלא מסר לתהליכי גידול וייצור.
נכון להיום, אין מספיק מידע כדי לקבוע שמזון אורגני שונה באופן משמעותי בבטיחותו וברכיביו התזונתיים ממזון רגיל. במשרד הבריאות סבורים, כי על הצרכנים לרכוש ולצרוך מוצרי מזון בטוחים ובריאים, וכי קיימת בפני הצרכנים האפשרות לבחור במוצר אורגני אם בכך הם חפצים. המשרד מורה ליצרנים להציג בפני הצרכנים את כל המידע בנושא על-מנת לאפשר בחירתם.
