ההפסד הנקי ברבעון השני בשנת 2009 של חברת אבוג'ן הסתכם ב-3.8 מיליון דולר, או 0.14 דולר למניה, כולל הוצאות מימון בסך 4.7 מיליון דולר בגין שערוך כתבי אופציה, בעיקר אופציות סחירות, אשר הונפקו כחלק מהנפקת החברה בבורסה ביוני 2007. כך עולה (יום ה', 13.8.09) מדוחותיה הרבעוניים של החברה.
ההפסד האחרון גדול בשהוואה להפסד הנקי של 900 אלף דולר, או 0.06 דולר למניה, כולל הכנסות מימון בסך 0.3 מיליון דולר, ברבעון המקביל ב-2008.
ההפסד הנקי בששת החודשים הראשונים של 2009 היה 5.1 מיליון דולר, או 0.2 דולר למניה, כולל הוצאת מימון בסך 6.3 מיליון דולר, לעומת הפסד נקי של 1.5 מיליון דולר בתקופה המקבילה אשתקד.
הכנסות החברה ברבעון הסתכמו בכ-2.4 מיליון דולר, בהשוואה לכ-88 אלף דולר ברבעון השני ב-2008. הכנסות החברה בששת החודשים הראשונים של השנה הסתכמו בכ-4.8 מיליון דולר, לעומת הכנסות בסך 202 אלף דולר בתקופה המקבילה אשתקד.
עופר חביב, נשיא ומנכ"ל אבוג'ן, אמר כי "במהלך הרבעון השני של 2009, המשיכה אבוג'ן בשיתופי פעולה חדשים עם חברות אג-ביוטק מהמובילות בעולם. החברה גם שיפרה והעשירה משמעותית את מתודולוגיות גילוי הגנים שלה ואת הרחבת היקף תוכניות המחקר והפיתוח. הישגים אלו כוללים את שיתוף הפעולה עם חברת סינג'נטה, עליו דיווחנו לאחרונה, המתמקד בזיהוי גנים לשיפור עמידות של סויה לנמטודות, אחד המזיקים המשמעותיים הגורמים לנזקים הגדולים ביותר ביבול. שיתוף פעולה זה הינו הראשון שבמסגרתו אנו ממקדים את היכולות שלנו לגילוי גנים בתחום חשוב זה של של עמידות למזיקים בגידול שדה עיקרי".