הרב הראשי לשעבר מרדכי אליהו התעלף אחר-הצהריים (יום ב', 24.8.09) בביתו, ופונה בניידת טיפול נמרץ לבית חולים. הוא שב להכרתו ופונה לבית החולים "שערי צדק" בירושלים, משם נמסר כי ככל הנראה מדובר בהתייבשות כתוצאה ממחסור בנוזלים.
מצבו הרפואי של הרב אליהו רעוע לאחר סדרה של התקפים שעבר גופו, כאשר הראשון שבהם כלל גם מוות קליני. התקפים אלו גרמו לו לחולשה ולאישפוזים ממושכים בבתי חולים.
עם החלמתו, מסר מדי פעם שיעורים לציבור הרחב, אם כי במתכונת מצומצמת, ומיעט להשתתף באירועים פומביים. האחרון שבהם היה בבית הכנסת "היכל יעקב" בראשותו בשכונת גבעת שאול בה הוא מתגורר. קודם לאמירת הסליחות נשא בפני קהל הנאספים דרשה.
עדיין לא ברור מתי ישתחרר מבית החולים.