בית המשפט העליון אישר (יום ג', 15.9.09) את המשך חפירות ההצלה בעיר דוד, חניון גבעתי. השופטת עדנה ארבל מתחה ביקורת על התנהלות העותרים, ערבים המתגוררים בסמוך לאתר, שביססו את הטענות על כתבות בתקשורת "שהאפשרות להסתמך עליהן להוכחת טענות מוגבלת ביותר".
בהחלטה דחתה השופטת שורת טענות העותרים באמצעות בא-כוחם, עו"ד ארשיד, ובהן טענה כי מדובר בחפירות לא חוקיות, שכן הן מתבצעות בשטח "פעולות בנייה" ללא היתר כדין. כמו-כן, נדחו טענות כי החפירות יוצרות "מפגעי אבק ורעש" ואף גורמות להיווצרות סדקים בקירות בתיהם.
אין סכנה בחפירות השופטת ציינה בהחלטה כי מדובר בחפירות על שטח בבעלות עמותת אלעד שיוצגה בידי עו"ד שרף, וזו כדי לבנות במקום נדרשה לבצע חפירות הצלה. כוונתן של העמותות אלעד, מעלה בית דוד וקדומים לקדם בנייה במקרקעין השייך על-פי המסמכים לאלעד, "אינה מלמדת על אי חוקיות החפירה הארכיאולוגית במקום. הוסבר על-ידי רשות העתיקות כי ביצוע החפירה היווה תנאי לבחינת עמדתה של הרשות ביחס לבקשת בעלות המקרקעין לשנות את התב"ע החלה עליו. כל עוד מתבצעת חפירה בהתאם לדרישות החוק אין מקום להתערבותנו".
השופטת קבעה עוד, כי אין בסיס לטענת העותרים כי "היקף החפירה והרגישות הכרוכה בה הם המחייבים הוצאת רישיון חפירה". כמו-כן שללה טענות כי חפירות אלו יסכנו את העתיקות בארץ בכך שהן פוגעות ב"סמכות המועצה לארכיאולוגיה". החפירה נערכת על-ידי רשות העתיקות ובפיקוחה, "לא ברור איזו סכנה נשקפת לעתיקות הארץ כאשר החפירות מבוצעות על-ידי גורם מוסמך ומקצועי".
העותרים נשלחו על ידה לברר את טענותיהם על סדקים בבתיהם כתוצאה מהחפירות להגיש תביעות אזרחיות. היא ציינה כי עדות מומחה, המהנדס דורון קייפי, מעלה שהסדקים היו בבתים עוד בטרם החלו עבודות החפירה, וכי הסיבה להם - "הבתים לא בוססו באופן שמתאים לסוג הקרקע עליה נבנו... ונעשו תוספות בניה שאינן לוקחות בחשבון את התסבולת הקיימת של היסודות".
ארכיאולוגיה בעלת חשיבות בינלאומית בהתייחסה לחשיבות החפירות ציינה השופטת, כי הן הניבו עד כה "יבול ארכיאולוגי מרשים שחשיבותו המדעית וההסטורית רבה וחורגת מגבולות ישראל". עוד כתבה כי "עברה ההיסטורי העשיר של הארץ מקופל שכבה על שכבה באדמתה. דברי הימים של הארץ, של העמים שחיו בה, חלפו בה ונכנסו אל דפי ההיסטוריה, נקברו במרוצת השנים תחת האדמה והפכו לצפונותיה. '...ישראל היא אומנם מדינה צעירה, אך שורשיה עמוקים בהיסטוריה האנושית, ואדמתה רוויה לאורכה ולרוחבה בשרידים עתיקים של ציביליזציה אנושית קדומה שחייתה ויצרה באזור זה לאורך אלפי שנים, לפני ואחרי הספירה'... ביתר שאת נכונים הדברים ביחס לאזור המכונה 'עיר דוד'. תל עיר דוד מספר את דברי ימיה של ירושלים זה אלפים בשנים, כפי שניתן ללמוד עליהם עוד מן התנ"ך".
השופטת ציינה כי "חשיבות חשיפת צפונותיה של עיר דוד היא לאומית ובינלאומית, היא אינה מתייחדת לבני העם היהודי אלא יש לה חשיבות לכל מי אשר מבקש להתחקות אחר תולדותיו של אזור זה שהוא ערש הדתות המונותיאיסטיות. חשיבותו של המחקר הארכיאולוגי אינה מתמצה אך בהבנת עברה של הארץ ובאפשרות לבחון אמיתותם של הפרטים הידועים לנו ממקורות אחרים אודותיו, אלא הוא שופך אור על התפתחות התרבות האנושית. ככזה, חשיבותו חוצה עמים וגבולות".
ניסו לגרור לביצת המריבה בהחלטה נזפה השופטת בצדדים ש"לא עשו את המתבקש והמצופה מהם כדי לסייע לבית המשפט במלאכתו", וניסו "לגרור אחריהם את בית המשפט אל ביצת המריבה ביניהם שהיא רחבה ומורכבת הרבה יותר מעניינו של חניון גבעתי, ואינה עניין לבית המשפט לענות בו".
היא הדגישה כי בית המשפט העליון "אינו הערכאה המתאימה לבירורן של שאלות עובדתיות ועל כן חשיבות רבה נודעת לפרישת התשתית העובדתית במלואה בפני בית המשפט. כזאת לא נעשה... חוות דעתי מתבססת אפוא על התשתית העובדתית שהונחה בפניי, ולפיה היתרים, ככל שהם נדרשים, ניתנו. עוד הובהר כי עבודות החפירה בחניון נעשות בפיקוח ובליווי אנשי מקצוע. יובהר למעלה מכל ספק כי אין בחוות דעתי כל היתר או הכשר לביצוע כל עבודה שמעבר לחפירות הארכיאולוגיות במקרקעין ולא ניתן לה היתר כדין".