בהמשך להחלטת
שר התחבורה לאפשר לחברת אל על להפעיל קו טיסות בין נתב"ג לאילת, עתרה (יום ב', 21.9.09) חברת ישראייר לבג"צ בדרישה לבטל את החלטת שר התחבורה.
לדברי החברה, הסוגייה של הוספת מוביל נקוב לאילת לא נבחנה בצורה יסודית ועל-פי הנדרש בחוק טרם קבלת החלטת השר ועל כן, החלטתו פסולה. החברה מסרה כי היא מבקשת לבחון את הנושא בכלים מקצועיים ובצורה יסודית, תוך בחינת מכלול המשמעויות.
ישראייר טענה בפני בית-הדין כי שאלת כניסתו של מוביל אווירי נוסף בקו לאילת הינה שאלה כבדת-משקל, שיש לה השלכות נכבדות על שוק התעופה בישראל בכלל, ועל שוק התעופה הפנים-ארצי בפרט. החלטת שר התחבורה, ישראל כץ, התקבלה, לדברי ישראייר, באופן שרירותי, מבלי שקדם לה הליך בחינה מסודר של כל ההשלכות האפשריות על שוק התעופה, על הציבור ועל המפעילים הנוספים בקו לאילת. זאת, לאחר שבקשה דומה של אל על נדחתה על-ידי רשות התעופה האזרחית בחודש אפריל 2009.
בעתירה פירטה ישראייר שורה של התנהלויות לקויות בדרך לקבלת ההחלטה. ההחלטה, לטענתה, התקבלה מבלי שהשר התייעץ עם ועדה מייעצת כפי שנדרש ממנו בחוק ובלי שניתן לישראייר להביע את טענותיה בפני השר טרם קבלת ההחלטה, כמו גם ללא איסוף נתונים רלוונטיים שיסייעו לשר בגיבוש ההחלטה. יתרה מזאת, אומרים בישראייר, החלטת השר ניתנה ללא נימוקים והסברים.
לאור כל זאת מבקשת ישראייר לבטל את החלטת השר, לצורך דיון מחדש באפשרות הוספת מפעיל נוסף בקו לאילת. כמו-כן, קובעת החברה כי שר התחבורה גיבש את עמדתו בנושא באופן לפיו "המשחק מכור", ועל כן היא דורשת שהנושא יידון מחדש על-ידי שר אחר.
"כמי שנלחמת ללא לאות על הזכות לתחרות, ישראייר תומכת ומבינה את חשיבות התחרות בענף ותמשיך לפעול לקידומה. עם זאת, אנו מאמינים כי החלטה דרמטית כגון זו לא יכולה להתקבל בחטף וללא בחינה יסודית של כל ההיבטים הנדרשים. תהליך קבלתה פגום מן היסוד, ואנו מבקשים תהליך בחינה מחודש, מעמיק ורציני, על-ידי גורם שיהיה נכון לדון בנושא בראייה כוללת של ההשלכות על התעופה הישראלית", מסרה החברה בהודעה.
העתירה של ישראייר הוגשה באמצעות עורכי-הדין יורם בונן, מרב שיבק וברק גליקמן ממשרד פישר בכר חן וול אוריון.
