פרק הזמן המשוער לסריקת כל חומר הראיות בפרשת רשות המיסים הוא ארבעה שבועות, בעבודה רציפה. כך טענו בפני בית המשפט עורכי הדין המייצגים את הנאשמים בתיק רשות המיסים. טיעונים אלה מלמדים על ההיקף העצום של חומר החקירה שנאסף בפרשה.
כתב האישום הוגש נגד שבעה נאשמים: יעקב (ג'קי) מצא, יעקב גור, יורם קארשי, יגאל סער, שמואל בוברוב, יוסף שטיינמץ, גדעון בר-זכאי.
על-פי הדיווח שנמסר לבית המשפט (יום ד', 30.09.09), כדי להתגבר על היקף החומר ועל-מנת להוזיל את עלויות הצילום, שכרו הנאשמים חברה אשר תסרוק במרוכז את חומר החקירה הרלוונטי לטובת כל הנאשמים, החברה תעבוד עם שתיים-שלוש מכונות סריקה, בו-זמנית. הארכת הזמן של החברה לסיום העבודה הייתה כשלושים יום. לאור זאת ולאור פרק הזמן שייקח להסיר את החיסיון בתיקים הרלוונטיים, ביקשה התביעה שתחילת המשפט תיקבע לא לפני חודש אפריל 2010.
השופט זכריה כספי אמר, כי לאחר ששקל את כל הגורמים, שלב ההוכחות במשפט יחל בחודש מרס 2010 והדיונים יתקיימו פעמיים בשבוע - בימים א' ו-ד'. בהתאם לקביעתו קבע השופט, בנוסף, מועדים ל-40-30 ישיבות לשמיעת הוכחות.
המידע אשר נאסף בחקירת רשות המיסים כלל מספר חודשים של חקירה סמויה שנוהלה על-ידי יאח"ה, ושכללה האזנות סתר. בחודש יולי 2007 הועברו חומרי החקירה והמלצות המשטרה לפרקליטות. במהלך החקירה נאסף חומר רב מאוד נגד החשודים. נגבו כ-600 הודעות מחשודים ומנחקרים אחרים, נתפסו מאות תיקים העוסקים בקידום עובדים ברשות, תיקים אישיים, תיקי מכרזים ועוד. עיקר החשדות כנגד הנאשמים הם מרמה, הפרות אמונים וקבלת שוחד.
