הפרקליטות חזרה בה בחודש מרס 2005 מכתב אישום שהגישה נגד רמי שקלים ונגד עמותת שערי רחמים שהפעיל. כתב האישום הוגש בגין עבירות מס לכאורה. כתב אישום מתוקן הוגש נגד רמי שקלים לבדו.
בהודעה לבית משפט השלום בירושלים כתב עו"ד יורם הירשברג, כי מאחר שהנאשם טרם השיב לכתב האישום, "מתבקש בית המשפט הנכבד להורות על ביטול האישום בהתאם לסעיף 94(א) לחוק". משמעות הדבר: מחיקה בלא זיכוי הנאשמים.
בהודעתה דאז הדגישה הפרקליטות: "למען הסר ספק יובהר, כי המאשימה תגיש כתב אישום מתוקן בזמן הקרוב". ואכן, לאחר מכן הוגש כאמור כתב אישום מתוקן נגד רמי שקלים לבדו בגין עבירות מס חמורות והעלמת מס בהיקף כספי של מיליוני ש"ח.
