מבקר המדינה השופט (בדימ.)
מיכה לינדנשטראוס עורך בימים אלה בדיקה בדבר דרכי בחירתן של הוועדות לבחירת חתני פרס ישראל ועל שיקוליהן בבחירת הנבחרים. הודעה על-כך נמסרה לתנועת אומ"ץ על-ידי לשכת שר החינוך שבתחום משרדו פועלות הוועדות הללו.
הודעתו של משרד החינוך נמסרה בעקבות פניית התנועה לשר החינוך
גדעון סער, שאליה צורפה תלונה של אזרח שהלין על ההליך והתוצאות של בחירת המועמדים לפרס ישראל. האזרח צירף מסמכים שמהם עולה לכאורה כי יש בעיה בדרכי פעילות הוועדות.
אומ"ץ ביקשה משר החינוך להורות לגוף מוסמך במשרדו לבדוק את התהליכים, ובתגובה לכך הודיעה ללשכת השר כאמור כי הנושא נמצא בבדיקת משרד מבקר המדינה.
היסטוריה של מחלוקות בעבר היו כמה מקרים שמחלוקת ניטשה סביב קבלת הפרס. בשנת 1997 החליטה ועדת הפרס להעניק את הפרס לעיתונות לשמואל שניצר. בעקבות עתירה לבג"צ התברר שהוועדה לא הייתה מודעת לכך שמספר שנים קודם לכן פרסם שניצר מאמר שקרא לעצירת העלייה מאתיופיה, בתואנה רפואית, ובעקבות תלונה שהוגשה למועצת העיתונות פסק בית הדין של מועצת העיתונות כי עבר על כללי תקנון האתיקה. בג"צ הורה להחזיר את הדיון לוועדה שהחליטה לא להעניק את הפרס.
נדחו עתירות לבג"צ על הענקת פרס למפעל חיים לשולמית אלוני ולמכון הישראלי לדמוקרטיה. עתירה נוספת הוגשה גם נגד הענקת הפרס לפרופ' זאב שטרנהל [בג"צ 2454/08], אך בית המשפט הפריד בין דעותיו של האיש לפועלו. בעקבות פניית שרת החינוך נגנזה בזמנו ההחלטה להעניק את הפרס ליגאל תומרקין.
סרבני פרס היו גם כאלה שסירבו לקבלת הפרס - חנוך אלבק שהתנגד לעצם חלוקת הפרס; דוד בן-גוריון שכתב: "לא מגיע לי פרס בעד מילוי חובתי לארצי", אורי זוהר, שמחה נגד הממסד; יובל נאמן עקב הענקת הפרס לאמיל חביבי; ישעיהו ליבוביץ בעקבות המחלוקת סביב דעותיו, ומשה גרשוני שהודיע כי יסרב ללחוץ את יבדיהם של ראש הממשלה ושרת החינוך.
