בתום דיון מרתוני אישרה (ב', 7.12.09) הכנסת בקריאה שניה ושלישית את החוק הביומטרי. חברי הכנסת אישרו את הצעת הפשרה שגובשה בשבועות האחרונים ולפיה הקמתו של מאגר מידע ביומטרי יידחה בשנתיים, ובמהלך התקופה הזאת יוקם מאגר חלקי ולא מחייב, שיאפשר למדינה לבחון סוגיות הקשורות לאבטחתו של המידע הרגיש. 40 חברי כנסת הצביעו בעד, 11 נגד ו-3 נמנעו.
במסגרת החוק, טביעות שתי האצבעות המורות, ותצלום פנים ממוחשב של כל תושבי ישראל יישמרו הן על התעודות והן במאגר ממשלתי. ההסתייגויות שביקשו להסיר את הקמת המאגר מהחוק לא התקבלו, וכן לא התקבלו אף אחת מההסתייגויות להצעת החוק. יושב-ראש הכנסת ציין כי "זו פעם ראשונה שכל ההסתייגויות רלוונטיות ומעוררות מחשבה".
במהלך תקופת המבחן, המדינה לא תוכל לכפות על איש למסור את פרטיו המזהים למאגר הביומטרי. אזרח שיסרב למסור את פרטיו למאגר ייזכה בתעודת זהות או דרכון רגילים ולא ביומטריים במהלך תקופה זו.
כמה חודשים לפני תום הניסוי, יהיו חייבים השרים לדווח על התוצאות לועדות השרים והכנסת ליישומים ביומטריים ורק לאחר התייעצות עימם, יכנס החוק לתוקף ויחול על כלל התושבים.
מדינות רבות ידרשו בשנים הקרובות מסמך זיהוי ביומטרי על-מנת להיכנס לשטחן. משרד הפנים הבהיר כי לא יספק דרכון ביומטרי ללא השתתפות במאגר, ולא יינתנו תעודות חליפיות כאלה.
יוזם החוק, חבר הכנסת מאיר שטרית (קדימה) אמר בנאומו במליאה: "מקווה שהפחד משינוי וקדמה לא ירתיע חברי כנסת מלתמוך בחוק. אני יודע שקמה מהומת אלוהים על-ידי חלק מהאנשים שהפחידו את הציבור. לצערי, אין אמת ברוב הפרסומים שנעשו"
