בתוך כך, חושפת היום רשות העתיקות תגלית ארכיאולוגית והיסטורית חשובה: החשמונאים שלטו גם בנגב. בימים אלה מעבדים חוקרים ברשות ממצאים מחפירות ארכיאולוגיות באתרים שחפר בעבר ד"ר רודולף כהן המנוח מאגף העתיקות לאורך "דרך הבשמים" בנגב.
אחד האתרים שנחפרו היה חורבת מאגורה, שנמצאת במרחק של כ-3.4 ק"מ מערבית לאזור שדה בוקר, על רכס חלוקים. האתר נמצא בנקודה אסטרטגית המשקיפה על נחל בשור, בו עברה הדרך החשובה בין פטרה ועזה - היא "דרך הבשמים" המפורסמת. בדרך זו, הובילו הנבטים מוצרים יקרים, כגון: מור ולבונה, לים התיכון ולמצרים.
מניתוח הממצאים עולה, כי לאחר שכבש את עזה, בשנת 99 לפנה"ס, בנה המלך אלכסנדר ינאי - נינו של מתיתיהו הכהן, מצודה ובה ארבעה מגדלים – זאת, בתוך מבנה חאן נבטי קדום יותר. באמצעות מצודה זו, שיתק את הפעילות בדרך הבשמים ולמעשה דחק את הנבטים מהנגב.
בגלל תוכנית המצודה, הניח בזמנו הארכיאולוג ד"ר כהן, שמדובר במצודה מהתקופה הרומית (סוף המאה השלישית לספירה). אולם ניתוח חדש של הממצאים שנתגלו במצודה, ומאפייני מבנה המצודה עצמו, הוביל למסקנה החד-משמעית, כי המצודה הינה חשמונאית.
לדברי ד"ר טלי אריקסון-גיני מרשות העתיקות, עורכת הפרסום המדעי של החפירה, מדובר במהפך מחשבתי, שיצייר מחדש את מפות האזור המתארות את העת ההיא, ומגדיל בהרבה את שטח השליטה של החשמונאים לתוך לב הר הנגב, כפי שהוכר עד היום. "זו תגלית חשובה מבחינה ארכיאולוגית והיסטורית. למרות עדויות של ההיסטוריון יוסף בן מתתיהו, לפיהן כבש המלך אלכסנדר ינאי את החוף הדרומי של ארץ ישראל ואת נמל עזה (שהיה חשוב ביותר לנבטים) ואף דרומה ממנו, לא נמצאו לכך הוכחות ארכיאולוגיות ברורות בשטח. בשל כך, נטו היסטוריונים לשלול את האפשרות שהחשמונאים אכן שלטו בנגב", אמרה.
עתה מתברר, כי החשמונאים החזיקו מצודה על העורק המסחרי החשוב של הנבטים עד שנת 66 לפנה"ס, ובאמצעותה, מנעו את תנועתם של האויבים הנבטים על הדרך שבין חלוצה וצפון סיני. צעד כזה, ניתק את ערוץ הסחר בין פטרה והנמלים - ולמעשה, קיבל הסחר באזור מכה אנושה, שנטרלה את הסחר דרך הנגב למשך כמה עשרות שנים.
התגלית גם מחזקת את הטענה שאתר נבטי אחר - ניצנה, בו התגלו לא-מעט מטבעות של אלכסנדר ינאי, נשלט על ידו. עוד עובדה מעניינת, הסבירה ד"ר אריקסון-גיני, היא שהצבא שהעסיק אלכסנדר ינאי היה ברובו צבא חרב שהורכב מחיילים גויים. "את זאת ניתן להסיק מהכלים המיובאים שנמצאו במקום לצד הכלים היהודיים, ומהיין שהובא מעבר לים. נראה, שאלכסנדר ינאי והמלכה שלומציון לא סמכו על חיילים יהודים, על-רקע הפילוג הפוליטי החריף ששרר בעם".
