מדדי שירות חדשים יקבעו כיצד תתוגמל רכבת ישראל. התגמולים לרכבת תינתן בהתאם לשביעות רצון הלקוחות ולהרחבת הפעילות בתחום הסעת הנוסעים והובלת המטענים.
בהסכם החדש יועמדו לרשות החברה, למימון פעילותה השוטפת, כל הכנסותיה מפעילות הסעת נוסעים, הובלת מטענים ומסחר, וכן סובסידיה קבועה. בשונה מההסכם הקודם בו ניתנה לרכבת סובסידיה בהתאם להפרש בין הכנסות הרכבת ובין הסכום הדרוש להפעלתה, הרי שבהסכם הנוכחי תקבל הרכבת סובסידיה קבועה שהינה קטנה משמעותית מצורכי החברה. סובסידיות נוספות תקבל רכבת ישראל בגין הגדלת הפעילות בתחום הנוסעים והמטענים ושיפור הדיוק ורמת השירות.
מדדי השירות שנקבעו, כוללים בין היתר, את דיוק הרכבות, שביעות רצון הלקוחות ובקרה תפעולית על השירות הניתן בתחנות וברכבות. בהתאם לביצועי החברה בפועל תהיה רכבת ישראל זכאית לתגמול כספי או תחויב בקנס על אי-עמידה ביעדים.
כמו-כן, כולל ההסכם מנגנוני תמרוץ להרחבת השימוש ברכבת:
תמריץ לגידול בנוסעים ה"רב-פעמיים" (רוכשי חופשי-חודשי וכד'), במטרה להביא להפחתה בכמות כלי הרכב הפרטיים;
תמריץ להגדלת היקפי הובלת המטענים ברכבת אשר תביא להפחתה בתנועת משאיות על הכבישים.
על ההסכם עם הממשלה חתמו (יום ד', 30.12.09) החשב הכללי שוקי אורן, מנכ"ל משרד התחבורה יעקב גנות ומנכ"ל רכבת ישראל יצחק הראל.
ממשרד האוצר נמסר כי ההסכם מהווה פריצת-דרך בהסכמים עם חברות ממשלתית, הן בתמריצים מעודדי ניהול שיגדילו את כמות הנוסעים והן בקיום מנגנון מדדי השירות שיתמרץ את הרכבת לזמן שירות טוב יותר.
מנכ"ל הרכבת, יצחק הראל: "נערכה עבודה יסודית ומאומצת, יחד עם משרדי האוצר והתחבורה, על-מנת ליצור מודל סובסידיה שיביא לפיתוח הרכבת ולשיפור השירות לנוסעים. אני רואה בתחום השירות כיעד החשוב ביותר של רכבת ישראל, ולפיכך פעלתי לבסס את הסכם הסובסידיה החדש כך שיביא את החברה להשקיע מאמצים בהרחבת הפעילות להעלאת רמת השירות הניתן לנוסעים. מודל זה הופך למעשה את החברה לחברה עסקית האחראית למכלול פעילותה ולסיכונים והסיכויים הנובעים ממנה. במסגרת ההסכם החדש נמשיך ונפעל להעלאת רמת השירות בתחנות, ברכבות ובכל תחנות הרכבת תוך הורדת מספר כלי הרכב הפרטיים והמשאיות מכבישי הארץ - נוריד את רמת זיהום האוויר, הפקקים ותאונות הדרכים".
ההסכם הינו הסכם ארוך טווח ל-8 שנים, על-מנת לאפשר לחברה להתאים את פעילותה למנגנונים שנקבעו בהסכם.