יותר מ-40 אלף עמותות רשומות כיום בישראל. כשליש מהן, 15 אלף, הן עמותות פעילות, המהוות את חלק הארי במה שמוגדר "המגזר השלישי" - להבדילו מן המגזר העסקי והמגזר הציבורי. על-פי נתוני המרכז הישראלי לחקר המגזר השלישי באוניברסיטת בן-גוריון, ב-2002 נאמד סך ההוצאות השוטפות של המגזר השלישי ב-65 מיליארד שקל, סכום השווה ליותר מ-13% מהתוצר המקומי הגולמי. על-פי המרכז, 26% מהעמותות עוסקות בתחומי דת, 16% ברווחה ובריאות, 16% בתרבות ופנאי, 15% בחינוך ומחקר, 12% בפילנתרופיה והשאר בשינוי חברתי, שיכון ופיתוח ועוד.
האזרח נתקל בפעילותם של הארגונים הללו כמעט בכל מקום: בעיתונים הוא קורא דוחות של עמותות שהופצו לתקשורת, למשל על הפרת זכויות אדם. בקניות בסופרמרקט הוא מתבקש לתרום מזון באמצעות עמותות המסייעות לנזקקים ועל דלת ביתו מתדפקים צעירים המבקשים תרומה לגוף המסייע, למשל, לילדים שלא שפר עליהם גורלם.
כ-3,000 עמותות מקבלות מהממשלה מדי שנה הקצבות ותמיכה של מיליארדי שקל. לעמותות שאינן מקבלות כספים במסגרת התקציב של משרדי הממשלה קיים מנגנון תמיכות ממשלתי, המעביר אליהן מדי שנה 1.6-1.8 מיליארד שקל (רוב הכסף הזה מופנה לעמותות חרדיות).
המשבר הכלכלי השפיע כמובן בצורה קשה על העמותות, שחלק ניכר מתקציבן ממומן מתרומות. על-פי מחקר שנערך באוניברסיטת בן-גוריון, ב-2008 דיווחו 81% מהעמותות על קשיים כלכליים; אחד מכל שבעה ארגונים נמצא ב"סיכון פיננסי חמור" עד כדי הפסקת פעילות ואחד מכל חמישה ארגונים דיווח על מצוקה כספית חמורה.
אריק כרמון, מייסד המכון הישראלי לדמוקרטיה ונשיא הארגון מאז הקמתו ב-1991, נמצא בראש רשימת מקבלי השכר הגבוה בעמותות שנבדקו. מחזור הפעילות של המכון הישראלי לדמוקרטיה בשנת 2008 עמד על 28 מיליון שקל ובשנה זו גייס 28 מיליון שקל מתרומות. באותה שנה עמדה עלות שכרו של כרמון על 1.5 מיליון שקל והוצאות הנהלה וכלליות נאמדו ב-7.8 מיליון שקל, שהם 27.8% מהמחזור.
כיום אין הגבלה חוקית על שכר המנהלים, ובהנחיות רשם העמותות נקבע רק כי "עמותה אינה רשאית לשלם לעובדיה שכר העולה על הסביר". חברת הכנסת
רונית תירוש (קדימה) הגישה הצעת חוק שלפיה לא יעלה שכר מנהל בעמותה ציבורית (כזאת המקבלת תקציב מהמדינה) על ארבע פעמים השכר הממוצע במשק (31,248 שקל ברוטו בחודש, על-פי השכר הממוצע של אוקטובר 2009). למרות הטענות כי זוהי הצעה פופוליסטית, אישרה ועדת השרים לענייני חקיקה להמשיך בהליכי החקיקה.
שכר המנהלים אומנם אינו מוגבל, אבל יש הגבלה על "הוצאות ההנהלה" (הכוללות מלבד שכר המנהלים גם עמלות גיוס תרומות, שירותים מקצועיים, צורכי משרד, אש"ל, כיבודים, נסיעות, החזקת כלי רכב, שכירות וכדומה). הגבלה זו נגזרת ממחזור הכספים של העמותה: לדוגמה, בעמותה שהמחזור השנתי שלה קטן מעשרה מיליון שקל מותרת הקצאה של עד 25% מהמחזור על הוצאות הנהלה. עמותה שהמחזור שלה נע בין 50 ל-100 מיליון שקל, רשאית להקצות עד 5% מהכספים על הוצאות הנהלה ואילו עמותה שהמחזור שלה גבוה מ-100 מיליון שקל רשאית להקצות עד 2.5% מהכספים להוצאות ההנהלה.
מוסף הארץ בחן את הדיווחים שמסרו לרשם העמותות 32 עמותות מוכרות בישראל, בעלות מחזורי כספים שנעים בין מאות אלפי שקל בשנה ליותר מ-100 מיליון שקל. מן הבדיקה מתברר כי כמעט תמיד, ככל שהפעילות הכספית של העמותה גדולה יותר, כך קטן החלק היחסי של הוצאות ההנהלה. לעומת זאת, נמצאו פערים גדולים בשכר הבכירים, גם בין עמותות בעלות תקציב דומה בגודלו.
שכר המנהלים בעמותות שנדגמו נע בין אפס שקלים (למשל עמותת אנונימוס, שאינה משלמת שכר למנהליה) לבין 555 אלף שקל - שכרו השנתי של מנכ"ל עמותת וראייטי ירושלים ב-2008 (46 אלף שקל בחודש). מן הבדיקה מתברר גם שאין צורך לרחם על מנהלים בעמותות מוכרות הפועלות למען נזקקים, דוגמת ידיד או ניצן, או למשל על מנהלי האגודה למען החייל, ששכרם ברוטו נע סביב 400 אלף שקל בשנה.
