שר הביטחון וצה"ל הגישו הבוקר (יום ה') לבג"צ את תגובתם בעניין עתירת תלמידי ישיבת הר ברכה נגד הוצאת הישיבה מההסדר עם צה"ל.
במסגרת התגובה פורטו התנהלותו והתבטאויותיו של ראש הישיבה, הרב אליעזר מלמד - התנהלות והתבטאויות שהובילו להמלצת צה"ל להוציא את הישיבה מההסדר. נכתב בה כי ההמלצה אומצה על-ידי שר הביטחון.
בין היתר, נאמר כי תחקירים שנערכו בצה"ל, בעקבות אירוע הנפת השלט בטקס ההשבעה של גדוד שמשון בכותל, העלו כי תלמידי הר ברכה מקבלים מהרב מלמד מסרים, שלפיהם אין לציית לפקודות שאינן עולות בקנה-אחד עם השקפתו הפוליטית. דברים דומים נכתבו גם בספרו של הרב, שגם ממנו מצטטת המדינה בתגובתה לבג"צ.
שר הביטחון וצה"ל בתגובתם מדגישים את חשיבותן ישיבות ההסדר לצה"ל:
- "יודגש כבר בשלב זה של הדברים, כי אין חולק בדבר חשיבותו של מסלול ישיבות ההסדר, מן הבחינה הערכית. מפעל ישיבות ההסדר הינו מפעל בעל חשיבות רבה, שלא לחינם זכה בפרס ישראל. המשיב 1 מכיר בתרומתם המשמעותית של חיילי מסלול ההסדר בשורות צה"ל, בשירות סדיר ובמילואים. מפעל ישיבות ההסדר מאפשר לצה"ל תפקיד מרכזי ועליון בהגנה על ביטחונה של מדינת ישראל, אזרחיה ותושביה".
עם זאת, המדינה מבהירה, כי הרב מלמד חצה את גבולות הממלכתיות, מסרב להכיר בעיקרון קבלת המרות ובחובת הציות לפקודות בצה"ל:
"ההחלטה שהתקבלה בעניין ישיבת הר ברכה משדרת מסר ברור, חד ותקיף, שלפיו רב ישיבה אינו יכול להחליש את עיקרון המרות, לפגוע בצה"ל, ללעוג למפקדיו לתמוך בסירוב פקודות, לסרב להתנצל ולהבהיר עמדתו כאשר ניתנת לו ההזדמנות לעשות כן - ועדיין ליהנות מהפריבילגיה ומההטבות שמעניקים צה"ל ומשרד הביטחון עת מכירים הם בישיבה כישיבת הסדר.
- "צה"ל מכיר בכך שהחברה הישראלית היא חברה פלורליסטית, ועושה מאמצים להכיל את השונות, בתוך גבולות הממלכתיות שלה הוא מחויב. התנהלותו של הרב מלמד חצתה את גבולות הממלכתיות באופן שחייב את צה"ל ואת שר הביטחון בקבלת החלטה נחושה וברורה, שפירושה עמידה ממלכתית על עיקרון קבלת המרות".
סיכום עמדת המדינה הוא זה:
- "צה"ל אינו יכול להשלים עם מצב שבו חיילים אינם רואים עצמם כפופים בצורה ברורה והחלטית למרותו של הצבא ולמרותם של מפקדיהם, ואף אינו יכול להשלים עם הפגנות פוליטיות של לובשי מדים, החותרות תחת היותו של צה"ל 'צבא העם'".
- "מקל וחומר, שאין לעודד קיומו של מצב זה בצורה עקיפה, באמצעות הכרה בישיבתו של הרב מלמד כישיבת הסדר, כאשר כפועל יוצא מהכרה זו זוכה הישיבה לתמיכה תקציבית מהמדינה וזוכים תלמידיה של הישיבה להטבה ייחודית ביחס לחובת השירות הצבאי - מסלול שירות ייחודי בצה"ל ותנאי שירות ייחודיים".