בדיון שנערך (יום ג', 26.01.10) בבג"צ בעתירת האגודה לזכויות האזרח נגד ההפרדה האתנית בלשכת משרד הפנים בבאשר שבע, קבעה השופטת פרוקצ'יה כי על משרד הפנים לגבש וליישם נוהל חדש, אשר יחול על כל לשכות משרד הפנים, ויגדיר את המקרים שיצריכו מבחינה עניינית טיפול בבקשות למעמד על-ידי פקידים בעלי מומחיות (למשל: בחינה של חשד לריבוי נישואין; שימוע שנערך לא בעברית; בחינת מסמכים שאינם בעברית; וכו'). הנוהל, לפי הוראת השופטת, ייושם בחודשים הקרובים, והאגודה לזכויות האזרח תבחן את יישומו.
בעתירה, שהגישה האגודה לזכויות האזרח ב 2.11.08 מבקשת בין היתר האגודה להקל על ערבים אשר מבקשים הסדרת מעמדם בישראל, באמצעות פתיחת לשכות נוספות, הקצאת עובדים דוברי ערבית ללשכות אלו, איחוד המחלקה המטפלת בבקשות למעמד של ערבים בלשכת משרד הפנים בבאר-שבע עם מחלקת האשרות ה'רגילה' בלשכה, תוך מניעת הפרדה פיזית בין ערבים ללא-ערבים בלשכה.
כן מבקשת האגודה לזכויות האזרח להקל את הנגישות למשרד הפנים. האגודה קובלת לא רק על ההפרדה הפיזית בין ערבים ללא ערבים אלא גם על התנאים הפיזים הגרועים שבלשכה המיועדת לערבים בלבד, הכל כפי שהיא מתארת בציוריות בעתירתה:
"בעוד שמבקשי המעמד שאינם ערבים מתקבלים באולם מרווח ומואר, מתקבלים מבקשי המעמד הערבים בחדר הביטחון האטום של הלשכה, שמסדרון צר מוביל אליו. במחלקת האשרות, בה מטופלים מי שאינם ערבים, יש ארבעה עמדות לקבלת קהל. במחלקה המטפלת במבקשי מעמד ערבים יש שתי עמדות בלבד, המאוישות, בדרך כלל, על-ידי פקידה אחת. אין כל דרך מעשית וזמינה לתיאום תור לצורך קבלת שירות ואין כל דרך לברר מה עלה בגורל הטיפול בבקשה, אלא על-ידי התייצבותם הפיזית של מבקשי המעמד הערבים - מכל רחבי הדרום- בלשכה". עד כאן תיאור האגודה על הקשיים הפיזיים והביורוקרטיים אשר מוערמים על ערבים מבקשי מעמד.
לאחר שמתארת האגודה במבוא לעתירתה את התנאים הקשים בלשכות משרד הפנים ואת הקשיים בנגישות ללשכות אלו, אשר כמו לקוחים מתיאור ובריאני על האופן שבו בכוחה של ביורוקרטיה להשפיע לשלילה על הקצאת זכויות מהותיות דה-פקטו, היא עוברת בפירואט של "מן הכלל אל הפרט", לתיאור סיפור חייו של העותר,
"בדואי מחוסר אזרחות, כבן שישים, הסובל ממחלת ריאות, ומשתכר בצמצום מעבודתו כאיש אחזקה בבית הספר", ואשר "נסיעות חוזרות ונשנות לבאר-שבע לצורך קבלת טפסים, תיאום תור, הגשת בקשה, בירור מה עלה בגורל הבקשה וקבלת רישיון ישיבה חדש- מקשות עליו מאוד. כל נסיעה לבאר-שבע ובחזרה לאילת בתחבורה ציבורית משמעה מאמץ, הוצאה כספית, ויום עבודה שהלך לאבדון".
האגודה ממשיכה ומתארת בעתירתה את ההשפלה שהיא מנת חלקם של תושבים ערביים אשר נאלצים להרחיק לכת עד לבאר-שבע בכדי לקבל שירות ממשרד הפנים, כמו גם את אי התוחלת בכך, שכן רבים מהם דוברי עברית שוטפת, ויכולים לקבל שירות בכל לשכה באזור מגוריהם. היא שבה לתאר את המשוכות הביורוקרטיות בסעיף 10 לעתירתה:
"המועד לקביעת הפגישה בטלפון הוא בימים א', ג', וה', בלבד בין השעות שתיים לשלוש בצהריים. אין מענה לטלפון בשעות אחרות, ובשעה היעודה הסיכוי להשיג את הלשכה קלוש". הסיכוי הקלוש להשיג את הלשכה מוביל את הפונים להגרר שעות בדרכים בכדי למסור את מסמכיהם, המקוריים לעיתים, ללשכה, תוך שזו אינה מספקת להם אישור על עצם מסירתם של המסמכים. האגודה מוסיפה ומציינת בעתירתה כי טיפול נפרד למבקשי מעמד ערבים ולא-ערבים נהוג בכל הלשכות בארץ.
עתירת האגודה לזכויות האזרח נסמכת על איסור ההפליה אשר שב ונשנה בפסיקות בג"צ, על סעיף 3(א) ל
חוק איסור הפליה במוצרים, בשירותים, ובכניסה למקומות בידור ולמקומות ציבוריים, התשס"א - 2000, אשר מכוח סעיף 11 לו חל גם על המדינה. האגודה לזכויות האזרח קושרת בסעיף 28 לעתירתה בין המכשולים הבירוקרטיים שתארה בהרחבה לעיל, לבין הפגיעה בעיקרון השוויון ומציינת את ההלכה הפסוקה ולפיה כל עוד התוצאה מפלה, אין נפקא מינה שאין כל כוונה להפלות.
משרד הפנים, בתשובתו, מציין כי ההפרדה הפיזית היא מטעם צודק של צורך בהתמקצעות בכל סוג-טיפול. עוד מציין משרד הפנים מציין בתגובתו כי החלוקה נעשית על-פי ארץ המוצא של בן הזוג, והיות וארץ המוצא של בני זוגם של מרבית מבקשי המעמד הערבים היא 'האזור' (שטחי יו"ש) נוצרת מראית עין של בידולם הפיזי של הערבים דווקא בלשכות משרד הפנים, ולא כך היא; משרד הפנים מסכים לבטל את מראית ההפרדה הפיזית וקובע כי "תבוטל כל חלוקה בקביעת התורים ובקליטת בקשות ראשונות למעמד במסגרת ההליך המדורג", וכן כי "יושמטו כל הסממנים המצביעים לכאורה על ההבחנה או אפליה לכאורה, אף כי נעשו שלא במתכוון, וכי כל אמירה שיש בה להצביע על הבחנה כאמור - תרד". לאחר שמצהיר משרד הפנים על סילוק מראית העין של האפליה, הוא מבקש לדחות את העתירה שכן לשיטתו כל המחלוקות נמוגו.