סגן השר לפיתוח הנגב והגליל,
איוב קרא, דחה בתקיפות את בקשת האפיפיור לבינאום ירושלים. בפגישה בין השניים (יום ד', 27.1.10) בוותיקן, העלה בנדיקטוס ה-16 את הנושא, וקרא ענה לו כי רק בשליטה ישראלית מלאה יוכלו הכנסיות לשמור על עצמאותן בצורה הטובה ביותר.
"תזמון בקשת הוותיקן לבינאום ירושלים בסמיכות ליום השואה הבינלאומי צורם לאוזן", אמר קרא לאחר הפגישה. "המקומות המקודשים לכל הדתות זוכים לעצמאות מלאה, להגנה ולתמיכה של מדינת ישראל".
העמדה המסורתית של הוותיקן תומכת בבינאום ירושלים. ב-1947 תמך הוותיקן בהצעה לבינאום העיר שנכללה בהחלטת החלוקה 181. גם לאחר מלחמת העצמאות, בעת שירושלים המחולקת הוכרזה כבירת ישראל לא הכיר הוותיקן בריבונות ישראל על העיר. אחרי מלחמת ששת הימים אימץ הוותיקן עמדה לפיה יש לבנאם רק את העיר העתיקה. רק ב-1993 כוננו יחסים דיפלומטים בין ישראל לוותיקן, ונחתם הסכם בו אישרה ישראל "את מחויבותה המתמדת לשמירה ולכיבוד של הסטטוס קוו במקומות המקודשים לנצרות".
האפיפיור העביר באמצעות קרא מסר לעם היהודי ביום הזיכרון הבינלאומי לשואה: "חובה על כל אדם לזכור את שואת היהודים ולדאוג כי זוועות כאלה לעולם לא יישנו".
קרא נעתר לבקשת האפיפיור להיפגש למחרת עם סגנו הקרדינאל ליאונרדו סנדרי, הממונה על ענייני המזרח התיכון. הקרדינל טען לקשיים בקבלת מתן ויזות לאנשי הדת בכניסה לישראל מלבנון ומסוריה, וביקש לפטור את הכנסיות מתשלום ארנונה, כמו את בתי הכנסת. גם הוא ביקש לבנאם את ירושלים.
סגן השר הבטיח לסייע בעניין ויזות הכניסה, וסיפר על פועלו לפתיחת מעבר הגבול בקונטרה לצרכים הומניטריים וכלכליים. "הוותיקן מכיר את פועלי למען המקומות הקדושים לנצרות בישראל ובעולם הערבי. אמשיך בעבודתי למען הידוק היחסים בין ישראל לעולם הנוצרי, ואפעל להקלת מתן ויזות הכניסה לאנשי דת, אך ירושלים הייתה ותישאר בירת העם היהודי לנצח נצחים".
ממשלת אולמרט הציעה בינאום של האגן הקדוש, כלומר: העיר העתיקה וסביבתה. האזור ינוהל על-ידי ועדה רב-לאומית בה יהיו חברים סעודיה, ירדן, ישראל, הפלשתינים וארצות הברית. אולם, משעה שסוגיית הבינאום תהפוך לאפשרות מעשית, גם הוותיקן עשוי לדרוש למלא תפקיד משמעותי בירושלים מתוקף היותו נציג העולם הנוצרי.
יש עדיין מספר סוגיות השנויות במחלוקת בין הצדדים. הוותיקן מתנגד להפקעת שטחים על-ידי ישראל ומסרב לשלם מיסים למדינה. כמו-כן, לא הוסדר סופית מעמדם המשפטי והסוציאלי של אנשי הכנסייה הקתולית. בדצמבר 2009, לאחר הכנה ממושכת, ביקרה משלחת ישראלית בראשות סגן שר החוץ
דני איילון בוותיקן במטרה לטפל בסוגיות השנויות במחלוקת, אולם השיחות הסתיימו ללא תוצאה, ונקבע שהדיונים ימשכו בקבוצות עבודה משותפות שיפגשו פעם בחודש.
