מאז שנת 1997 מממן משרד הבינוי והשיכון חברת אבטחה שזכתה במכרז, העוסקת בשמירה על תושבים יהודים ובאבטחת מתחמי המגורים שלהם באתרים שונים במזרח ירושלים, בעיר העתיקה ובהר הזיתים. מדובר בשירותי אבטחה צמודים למבנים ובליווי אישי למתגוררים בהם, בשונה מן האבטחה ההיקפית אותה מספקת משטרת ישראל שאין בכוחה למנוע התנכלויות מצד ערבים הרואים בעין צרה את ההתיישבות הישראלית במזרח העיר.
באופן זה מאובטחים כ-70 מתחמים בעלות שנתית כוללת של 50 מיליון שקלים בשנה, מהם כ-1.25 מיליון שקל לאבטחת בית יהונתן בסילואן הנמצא ברמת הסיכון הכי גבוהה, שהגיעה עד כדי ירי בנשק חם.
בינואר 2007 החליטה ממשלת אולמרט להותיר את האחריות לאבטחה בידי משרד הבינוי והשיכון, תוך קיום עבודת מטה לצורך הסדרת האבטחה במזרח ירושלים באמצעות קביעת קריטריונים ברורים, שוויוניים ושקופים ונוהל עבודה מסודר. מאז התקיימו כמה דיונים במשרדו של המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, ומשרד הבינוי והשיכון אף העביר מספר טיוטות של נהלים מוצעים אשר נדונו על-ידי כל הגורמים.