דוח מבקר המדינה שבדק את שיקום בית העלמין היהודי בהר הזיתים, פיתוחו ואבטחתו - מוצא כי השיקום מתבצע מבלי שמה ששוקם יאובטח, דבר החושף את המקום לפעולות ונדליזם מצד ערבים ומעלה חשש שהשקעה של מיליוני שקלים תרד לטימיון.
עד שנת 2004, השנה בה פורק, טיפל משרד הדתות בליווי משפחות ומבקרים בבית העלמין ושמר על השטחים הציבוריים ועל חלקות הקבורה. האחריות הועברה למשרד הבינוי והשיכון בראשות השרים
מאיר שטרית ו
זאב בוים מקדימה, כמו גם
אריאל אטיאס משס, שבתקופתו נערכה הביקורת. התברר כי המשרד בראשותם לא ביצע את המוטל עליו.
המבקר קובע כי ממשלות ישראל היו ערות לאירועים הקשים בבית העלמין וביקשו לתקן את הדרוש תיקון. אף על-פי כן שיקום בית העלמין מתקדם בעצלתיים, רמת תחזוקתו אינה מספקת, רמת האבטחה שלו ירודה ואירועי ונדליזם ואירועים פליליים ממשיכים להתרחש בו.
לדברי משרד המבקר, על ועדת המנכ"לים בראשות מנכ"ל משרד רה"מ, איל גבאי, לוודא שתוכן תוכנית עבודה רב-שנתית לעבודות השיקום והפיתוח של בית העלמין אשר תאפשר לנצל באופן המיטבי את התקציב שהוקצה לצורך כך. יש לקבוע גוף ציבורי שתהיינה לו היכולת והסמכות לטפל בכל העניינים הנוגעים לבית העלמין, גם לאחר שהמדינה תסיים לשקמו ולפתחו. בהחלטתה בדצמבר 2009 בעקבות הביקורת, מינתה הממשלה גופים להסדרת השמירה והאבטחה בבית העלמין, ועליהם למלא כנדרש את התפקיד שהוטל עליהם.