במסגרת פרויקט הקמת הפרדות מפלסיות, תדחק רכבת ישראל מעבר תת-קרקעי במשקל של יותר מ-2,000 טונות, מתחת לפסי הרכבת בבאר יעקב. זוהי הפעם הראשונה, שנעשה בישראל פרויקט הנדסי בממדים אלה. במסגרת ביצוע הפרויקט, ייסגרו זמנית לתנועת רכבות מקטע לוד-ראשל"צ ומקטע לוד-אשקלון, בשני הכיוונים, למשך כשבועיים. במהלך העבודות לא תתאפשר נסיעה ברכבת בתחנות הבאות: ראשון לציון (הראשונים), באר יעקב, רחובות, יבנה, אשדוד (עד הלום) ואשקלון. העבודות תתבצענה החל ביום ראשון הקרוב (23 במאי 2010) ועד יום חמישי (3 ביוני 2010) ועד בכלל. תנועת הרכבות במקטע לוד-הראשונים ובמקטע לוד-אשקלון תתחדש ביום שישי (4 ביוני 2010). בניית ההפרדה המפלסית היא חלק מתוכנית פיתוח נרחבת של רכבת ישראל לבניית גשרים ומעברים תת-קרקעיים, למניעת מפגשים בין הרכבת ובין כלי רכב החוצים את המסילות ולשיפור מירבי ברמת הבטיחות במפגשי מסילה-כביש. בדרך זו, מתבטלים גודשי התנועה בסמוך לפסי הרכבת ומתאפשרת נסיעה מהירה יותר לבעלי כלי הרכב הפרטיים ולנוסעי הרכבת. בלב הפרויקט בבאר יעקב יבוצע מעבר תת-קרקעי לכלי רכב והולכי רגל מתחת למסילת הרכבת. במהלך סגירת המקטעים מתוכננות להתבצע העבודות לקידום הפרדות מפלסיות בבאר יעקב במפגש 134 (להתקנת מעבר תת-קרקעי) ובמפגש 133 (בניית קיר תומך והנפת קורות). המעבר יוצב מתחת לפסי הרכבת בשיטה של דחיקת המבנה למקומו בעזרת מערכת הידרולית ומסילות החלקה המאפשרות עמידה ביעדים שהוצבו. אופיה של השיטה הוא ביצוע מסילות החלקה טרומיות, אשר יונחו במקומן במשך המבצע, ועם השלמת ביצוען יימשך המעבר למקומו הסופי בעזרת המערכת ההידרולית. מידות המעבר הן כ-23 מטרים אורך על 14 מטרים רוחב ובגובה של כ-10 מטרים. משקלו של המעבר - כ-2,200 טונות אותן יש לשנע למקומן מתחת לפסי הרכבת במסגרת זמן קצוב של 12 ימים. שיטה זו בוצעה בעבר במאפיינים דומים בישראל, אולם זו הפעם הראשונה בה שיטה זו מבוצעת על מבנה הנדסי בממדים אלה ובתנאים לוגיסטיים כמתואר. הפסקת תנועת הרכבות תנוצל גם לביצוע עבודות תשתית במשולש פלשת (לרבות הנחת מסילה והתקנת מפלג), שיקום מפגש לשם הסרת מגבלת מהירות בניצנים, גיזום צמחייה לאורך תוואי המסילה, שיקום תעלות ניקוז, תיקון מעבירי מים וביצוע עבודות שונות בתחנות הסגורות (כגון: שיפור נגישות, התקנת מתקני אופניים, החלפת ריצוף וצביעה).