חייו היו אפופי מסתורין וחידות וכך גם מותו. אשתו של אשרף מרוואן, שהואשם בכך שהיה סוכן כפול-ישראלי ומצרי, מאשימה את המוסד ברצח בעלה לפני שלוש שנים.
בראיון מיוחד (א', 11.7.10) לעיתון ה"אובזרבר" הבריטי, טוענת מונה נאצר כי בעלה לא נפל למותו ממרפסת ביתם. נאצר, שהייתה נשואה למרוואן במשך 40 שנה, היא גם בתו של נשיא מצרים לשעבר, גמאל עבד אל נאצר. בשנת 1966 התחתנו השניים, וכך פיתח מרוואן קשרים הדוקים עם אביה של נאצר. בשנת 1969, כך לפי פרסומים, הגיע לשגרירות ישראל בלונדון וביקש לשמש כסוכן עבור המוסד הישראלי. מאוחר יותר שימש מרוואן כיועץ מיוחד לנשיא מצרים, אנוואר סאדאת. מרוואן ידוע, בעיקר, במידע המדויק שסיפק לישראל בשנת 1972 ו-1973 על ההכנות המצריות למלחמה. ב-5 באוקטובר 1973נפגש מרוואן, כך לפי פרסומים, עם
צבי זמיר, ראש המוסד דאז, והזהיר אותו כי מחר תיפתח מלחמת יום הכיפורים.
רשלנותו של אלי זעירא מיד לאחר החתונה של נאצר ומרוואן, האחרון החל לפתח יחסי קרבה עם אביה, נשיא מצרים. "אבי היה שולח את בעלי למשימות במדינות זרות. בעלי סרב לספר לי מידע רגיש על נסיעותיו, כיוון שזה היה מציב אותי בסכנה", לדבריה של נאצר. כששאלה אותו בשנת 2003 על קשריו עם סוכני המוסד במלחמת יום כיפור, מרוואן הכחיש כל קשר, לדבריה. מאוחר יותר למדה מהביון המצרי כי לבעלה אכן היה קשר עם סוכני המוסד, אולם טענו כי הוא הזין אותם במידע מוטעה. "בעלי היה גיבור אשר שירת את המדינה שלו. הוא עשה כל אשר ביקשו ממנו עד רמה של שלמות", הוסיפה.
רבים בקהיליית המודיעין טוענים כי אלי זעירא, ראש אמ"ן לשעבר, פעל בצורה רשלנית לאחר מלחמת יום הכיפורים בכך שלמעשה אישר את היותו של מרוואן סוכן מוסד. זעירא, לפי פרסומים זרים, האשים את מרוואן בשנות התשעים בכך שהיה סוכן כפול עבור מצרים. ככל הנראה, היה זה חלק ממסע הנקמה של זעירא, וניסיונו לטהר את שמו כאשם במחדל המודיעיני של המלחמה, כפי שמצאה ועדת אגרנט.
"הוא ידע שהם בעקבותיו. הוא נרצח על-ידי המוסד" נאצר טוענת שבעלה ידע מספר ימים לפני הרצח כי הוא עומד למות. היא מאשימה את המשטרה המקומית בחקירה רשלנית, ולאחר תחינות חוזרות ונשנות נפתחה לאחרונה החקירה מחדש של האירוע. נעליו של מרוואן, אשר היו יכולות לספק מספר תשובות בנוגע לנסיבות מותו, נעלמו באופן מסתורי מזירת הפשע. כמו-כן, לאחר הרצח נעלם ספר זיכרונות שכתב מרוואן, ובו ככל הנראה מידע מפליל על מספר סוכנויות ביון במזרח התיכון. "החקירה הייתה רשלנית מאוד. הם לא סגרו את זירת האירוע כראוי. הם לא לקחו טביעות אצבעות. הם איבדו את הנעליים שהוא נעל כשמת. כל זה מידע חיוני לחקירה", לדבריה. לפחות עד אחד טוען כי ראה שני אנשים בעלי חזות מזרח תיכונית נמלטים מהמקום מיד לאחר הרצח.
מרוואן אמר לנאצר מספר פעמים כי חייו נמצאים בסכנה. בפעם האחרונה הוא עשה כן בדירה של השניים בלונדון, כאשר "הוא הסתובב אלי ואמר- 'חיי בסכנה, אני עלול למות. יש לי הרבה מאוד אויבים.' הוא ידע שהם באים בעקבותיו. הוא נרצח על-ידי המוסד".
בימים הקרובים צפויה נאצר להעיד בפני השופט שחוקר את האירוע.
מייד לאחר מותו גברו הספקולציות לגבי הנסיבות. חלק מההערכות מדברות על כך שמרוואן הסתבך עם אנשי עסקים, והם אלו אשר רצחו אותו. השערה נוספת, מבוססת יותר, היא כי סוכנים מצריים הם אלו אשר רצחו את מרוואן, כנקמה על שיתוף הפעולה שלו עם המוסד. נאצר עדיין מאמינה כי בעלה לא התאבד, כפי שסברו השוטרים בתחילה, אלא נרצח בידי המוסד. "אדם במרפסת הקומה הרביעית העיד בפני המשטרה כי שמע צרחות לפני שנפל. האם אנשים שמתאבדים צורחים לפני מותם?"
