הניו-יורק טיימס מפרסם (ו', 16.7.10) כי לארגון שהיה אחראי למשט הטורקי ב-31 במאי יש קשרים ענפים עם בכירים בצמרת הפוליטית של טורקיה.
ככל הנראה, ניסיונותיו של הארגון לשבור את הסגר הימי על עזה באמצעות ספינות נתמך על-ידי חברים בכירים במפלגתו של
ארדואן. בכיר המקורב לשלטון בטורקיה מסר לעיתון כי עשרה חברי מפלגה אף שקלו לעלות על גבי ה"מאווי מרמרה", אולם השתכנעו בסופו של דבר כי זה עלול לעורר עימות חריף עוד יותר. הארגון, לפי הדיווח, מסייע לארדואן לגרוף תמיכה בקרב המוסלמים השמרנים בטורקיה לקראת בחירות בשנה הבאה.
ב-31 במאי הפליגו שש ספינות מנמל טורקי אל עבר עזה, בניסיון לשבור את הסגר הימי שמוטל על הרצועה. על גבי הספינות היו מאות פעילים, חלקם מארגון ה-IHH ואחרים מארגונים נוספים מכל רחבי העולם. במרחק של כמה עשרות קילומטרים מחופי עזה, השתלטו כוחות צה"ל על הספינה. הפשיטה הקטלנית הותירה תשעה הרוגים ועוד עשרות פצועים. מיד לאחר האירוע טענו במערכת הביטחון כי על גבי הספינה היו טרוריסטים חמושים היטב, בעוד טורקיה טענה כי אלו פעילים
הומניטריים.
"הממשלה הייתה יכולה לעצור את המשט אם הייתה רוצה" לפי הדיווח של העיתון עולה כי מספר בכירים בארגון ה-IHH מקורבים כעת, או היו בעבר, לראש ממשלת טורקיה, רצ'פ טייפ ארדואן, ולמפלגתו. "הממשלה הייתה יכולה לעצור את הספינה אם רק הייתה רוצה, אבל המשט סייע גם לארגון וגם לממשלה, בכך שהפך את שניהם לגיבורים בבית ובעולם הערבי", כך לדבריו של ארקאן סיטליאולו, מומחה לטרור באוניברסיטת באצ'שיר שבאיסטנבול.
מרבית חברי ועד הארגון קשורים למפלגתו של ארדואן, כאשר מספר חברי פרלמנט, בעבר או בהווה, משתייכים לועד. זייד אסלאן, חבר פרלמנט מטעם מפלגת AK (מפלגתו של ארדואן), כמו גם אהמט פארוק אונסאל, חבר פרלמנט בין השנים 02 ל-07, שניהם חברי ועד ה-IHH.
ממשלת טורקיה שבה ומדגישה כי לא היה לה כל קשר למשט, וכי אין היא אחראית לארגון הומניטרי פרטי. אגמן באגיס, השר לעניינים אירופאים, אמר כי "ל-IHH אין כל קשרים למפלגה, וכן אין לנו שום אג'נדה סודית". רבים בשבועות האחרונים העריכו כי בעקבות היחלשות מעמדה של טורקיה באירופה, היא מנסה למצב את עצמה בתור כוח משמעותי בעולם הערבי. אכן מאז המשט מעמדה של אנקרה בעולם הערבי הלך וצבר תאוצה, ולאחרונה אף התבטא נשיא סוריה, בשאר אל-אסד, ואמר כי טורקיה היא גורם משמעותי במערכת היחסים בין ישראל וסוריה ובכלל במזרח התיכון.
אם אכן הפרטים יובררו כנכונים, נדמה כי לארדואן תהיה משימה קשה להוכיח שאכן לא היה לממשלת טורקיה כל קשר למשט. יש לזכור, לאחר מותם של תשעת הטורקים, אנקרה הודיעה על ניתוק חלקי של היחסים עם ישראל. ארדואן הודיע על השבת השגריר הטורקי מישראל, כמו גם על ביטול מספר הסכמים צבאיים וצעדים דיפלומטיים נוספים. לאחרונה אף התבטא שר החוץ הטורקי, אהמט דאווטולו, כי אם ישראל לא תתנצל או תקים ועדת חקירה בינלאומית טורקיה תנתק לחלוטין את היחסים בין שתי המדינות.
"איך מדינה כה גדולה כמו טורקיה...נגררת לסף מלחמה על-ידי NGO (ארגון לא ממשלתי)?", כך שאל סמיע ידיז, פובליציסט של עיתון ההורייט הטורקי. "התשובה היא שהארגון הוא GNGO (ארגון ממשלתי לא ממשלתי)".