שלישי ברשימת עדי ועדת טירקל הוא הרמטכ"ל גבי אשכנזי, שבעדותו אמר כי הוא נושא באחריות לפעולה. "כמפקד הצבא אני נושא באחריות לכל פעולות הצבא. פעולת השייטת על המרמרה הייתה מידתית ונכונה". אשכנזי דיבר בשבח תפקוד חיילי השייטת בעת ההשתלטות על המשט. "הלוחמים הפגינו קור רוח אומץ לב ומוסריות. אני גאה שאלה החיילים שיש לנו. לדבריו, צה"ל נמצא בעיצומו של יישום מסקנות תחקירי הפעולה ומדוח ועדת איילנד. "ברגע שהחלה הפעולה, בנסיבות שאליה נקלעו הלוחמים, הם פעלו בצורה יוצאת דופן", אמר הרמטכ"ל שציין כי חייל השתמש ברובה צבע, עבר לשימוש באקדח כשחש סכנת חיים, וחזר להפעיל את רובה הצבע בחלוף הסכנה. יו"ר הוועדה יעקב טירקל תמה על העדר המודיעין של ישראל בדבר אופי הארגון הטורקי IHH, שיזם את המשט. "נראה קצת מוזר, מול ההצלחות המרשימות בסיכול הגעת ספינות ולפי פרסומים זרים גם במניעת הברחות נשק במקומות רחוקים מאוד מישראל. במקרים אלו היו כנראה מקורות מודיעיניים ודרכים לקבל מידע מאוד מדויק. קצת מוזר המידע הדל לגבי המרמרה", אמר. הרמטכ"ל השיב: "זה נכון. אני כבר אומר שלא ידענו מספיק על הארגון, ולא חקרנו אותו. הם לא היו בסדרי העדיפויות שלנו כמו הארגונים האחרים". אשכנזי הוסיף כי "טורקיה אינה מדינת אויב, ואני מקווה שגם לא תהיה. יש לנו קשרים צבאיים גם בזמן השבר הנוכחי. אני עצמי הייתי אורח של הרמטכ"ל הטורקי, שבועיים לפני המשט".