מבקר המדינה ציין בדוח כי תהליכי המינוי של קצינים בכירים מדרגת סגן אלוף ועד לדרגת תת-אלוף כוללים ארבעה שלבים: 1) בשלב הראשון של התהליך נעשה מיפוי של כל הקצינים בדרגת רב-סרן ובכל אחת מהדרגות סא"ל עד תא"ל בזרועות ובמטה הכללי, ונבחן הסטטוס הצפוי להם בעונת האיושים הקרובה: קידום בדרגה, מינוי לתפקיד אחר ללא קידום בדרגה (הנקרא בצה"ל "תנועת רוחב"), המשך התפקיד הנוכחי או סיום השירות בצה"ל. תהליך זה מכונה "דיון תנועות". קצין המועמד לקידום לדרגת סא"ל או אל"מ מוגדר כמועמד לקידום לאחר שעבר ועדת פוטנציאל זרועית או אגפית לעלייה בדרגה ולאחר שביצע מבחנים של מרכז הערכה לדרג בכיר יותר מדרגתו. את תכנון איוש הקצינים שעד דרגת סא"ל מאתרים החילות, הזרועות, אגפי המטכ"ל ומחלקת הסגל שבאגף כוח-אדם. תכנון איוש קצינים בדרגות אל"מ ותא"ל, הנכללים בקבוצת "קציני סגל הפיקוד הכללי", נעשה בראשות הרמטכ"ל ובהשתתפות פורום מטכ"ל. תוצאת דיונים אלו היא רשימה הקובעת את כל התפקידים המתפנים בדרגה הרלוונטית, בחלוקה לתפקידי ליבה ואלה שאינם כאלה, וכן רשימה המסכמת את כל פוטנציאל הקצינים לקידום לאותה דרגה מדרגה נמוכה יותר. 2) בשלב השני מתפרסמים בכלל צה"ל או בזרוע מסוימת, לפי העניין, התפקידים המיועדים לאיוש, תוך הפניה לתיאור התפקיד ולכישורים הנדרשים, כפי שהם מופיעים במסמך תיאור תפקיד, אם קיים. במקביל, מאותרים בזרועות ובמטכ"ל מועמדים לתפקידים הצפויים להתפנות. איתור הקצינים נעשה בשתי דרכים: על-ידי מפקדים וגורמי משאבי אנוש, במסגרת מימוש תוכניות פיתוח הקצונה; או בעקבות יוזמת הקצינים עצמם, המגישים את מועמדותם לתפקידים. בשלב זה בודקים גורמי משאבי האנוש את עמידת המועמדים בתנאי סף, כגון מילוי פרק זמן מזערי בדרגה (אם מדובר בקידום), וביצוע מבחנים של מרכז הערכה. תוצר שלב זה הוא רשימה ראשונית של מועמדים לכל תפקיד המיועד לאיוש. 3) בשלב השלישי בוחנים ראשי אגפים במטכ"ל או מפקדים, כגון מפקדי פיקודים מרחביים ומפקדי זרועות, לפי העניין, בשיתוף עם גורמי משאבי אנוש, את המועמדים ברשימה הראשונית על-פי מידת התאמתם לתפקיד בהיבטים, כגון: ביצוע הכשרות נדרשות, ניסיון צבאי והשכלה ותוצאות מבחנים שונים. בשלב זה נעזרים בכלים תומכי-החלטה, כגון תוצאות המבחנים של מרכזי הערכה לסא"לים או לאל"מים, חוות דעת של מפקדים וחוות דעת של עמיתים, המוצגות תמיד על-ידי נציגים של מחלקת מדעי ההתנהגות באכ"א. תוצר שלב זה הוא הרשימה הסופית של המועמדים לתפקיד, המכונה "אשכול" או "מצע לדיון". בדיוני שיבוצים שבהם סמכות האיוש מואצלת למפקדי הזרועות, מובא כל אשכול, הנוגע לתפקידים בדרגת אל"ם או תא"ל, לאישור הרמטכ"ל בטרם קיום דיון השיבוצים. 4) בשלב האחרון של התהליך מתקיימים דיוני השיבוצים עצמם, שגם במהלכם נעזרים בכלים תומכי ההחלטה, שהוזכרו לעיל. הדיונים מתקיימים בראשות מפקד הזרוע או ראש אגף במטכ"ל, שדרגתם אלוף, או בראשות הרמטכ"ל - בהתאם לדרגת התפקיד או העניין. בדיון משתתפים מפקדים בכירים מהסמכות הממנה או ראשי אגפים במטכ"ל, לפי העניין, נציגי מחלקת הסגל באכ"א ונציגי ממד"ה. בתום הדיון מודיעים לכל המועמדים את ההחלטות, תוך ציון העובדה שהמינוי מותנה באישור הגורם המאשר. לאחר אישור המינוי, נקבעים המועדים לחילופי בעלי התפקידים ולהוצאת כתבי המינוי. כלל התהליכים שפורטו לעיל, המתקיימים במטכ"ל ובזרועות, והנכללים בעונת איושים מסוימת, משתרעים כאמור על פני כשנה, מחודשי הקיץ של שנה אחת ועד חודשי הקיץ של השנה העוקבת. "תהליכי המינוי דלעיל אינם מתקיימים בכל הנוגע למינוי של קצינים לתפקידים בדרגת אלוף. תהליך מינוי האלופים מתקיים בין הרמטכ"ל לבין שר הביטחון. הרמטכ"ל הוא זה שקובע את המועמדים לקידום לדרגת אלוף כרשות הממנה ומביא לשר הביטחון את שמות מועמדיו (שם אחד או יותר), והוא מצביע גם על העדפתו. שר הביטחון יכול לאשר או לפסול מועמד מבין המועמדים שהציג הרמטכ"ל. שר הביטחון מאשר את המינוי במסמך שמוציא מזכירו הצבאי, המופץ ללשכת הרמטכ"ל ולמחלקת הסגל שבאכ"א", קבע המבקר.

סוגייה נוספת שאליה נדרש המבקר היא מינוי תת-אלוף אבי אשכנזי, אחיו של ראש המטה הכללי רב אלוף גבי אשכנזי, למפקד מרכז אימוני היבשה בצאלים. כאשר עלה מינויו של תת-אלוף אשכנזי על הפרק פסל עצמו הרמטכ"ל מדיון בנושא בשל ניגוד העניינים. את המינוי אישר סגנו דאז, אלוף דן הראל. עם זאת עלתה טענה כי בשל העובדה שאלוף הראל היה כפוף ישירות לרמטכ"ל - נגוע המינוי בניגוד עניינים. עמדת הפרקליט הצבאי הראשי שהובאה בפני מבקר המדינה הייתה כי ההחלטה בעניינו של תא"ל אשכנזי הועברה לסגן הרמטכ"ל, הכפוף אומנם לרמטכ"ל, אולם מבחינה מעשית לא ניתן היה לשתף בהחלטה גורם נוסף בצה"ל שאינו כפוף לרמטכ"ל, שכן אין בצה"ל גורם שאינו כפוף פיקודית לרמטכ"ל, ואשר עשוי היה להיות רלוונטי לקבלת ההחלטה במסגרת דיון שיבוצים. "לדעת מבקר המדינה, נוכח דברי הפרקליט הצבאי הראשי, שמהם עולה, כי מבחינה מעשית לא ניתן לשתף בהחלטה כזאת גורם נוסף בצה"ל שאינו כפוף לרמטכ"ל, לרבות הפצ"ר עצמו, ראוי גם לבחון את האפשרות שבדיון שיבוצים דומה בעתיד ישותף כמשקיף גורם חיצוני שאינו כפוף פיקודית לרמטכ"ל, כמו רמטכ"ל לשעבר או פצ"ר לשעבר", ציין המבקר והדגיש כי אין בהמלצות אלה משום הבעת ביקורת על עצם בחירתו ומינויו של תא"ל אשכנזי לתפקיד מפקד מל"י.