שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, יוסף שפירא, קיבל (יום ב', 20.9.10) את בקשת הפרקליטות וקבע כי הכספים המוקפאים בחשבונות בשוויץ של יעקב רבינוביץ, ושל שותפו בנו זוסמן, הינם חלק מהכספים אשר הוצאו במרמה מהקרן הקיימת לישראל. שפירא הורה כי כספים אלו יופקדו בקופת בית המשפט, בהתאם לדרישת הרשויות בשוויץ, וכי לאחר הפקדתם יועלה התיק למתן החלטה בדבר השבתם לקרן הקיימת לישראל.
את פרקליטות מחוז ירושלים ייצגו בהליך ע"י עוה"ד למברגר ו-חביליו. רבינוביץ יוצג ע"י עוה"ד דולן ו-מתתיהו.
רבינוביץ הואשם כי יחד עם בנו זוסמן קיבל מהקרן הקיימת סכום של 20 מיליון דולר, לצורך ביצוע עסקות של חכירת קרקעות בירושלים המצויות בבעלות הפטריארכיה היוונית האורתודוכסית, כאשר הוכח שעסקות אלו לא בוצעו מעולם והכספים לא הועברו לפטריארכיה.
במסגרת החקירה המשטרתית שנעשתה בתיק זה הוקפאו שלושה חשבונות בנק, שניים מהם בשוויץ ובהם סכומי כסף שונים בסכומים כוללים של מיליוני דולרים. בבקשתה עתרה הפרקליטות לסעד דומה גם ביחס לחשבון מספר בבנק המזרחי על שם עו"ד יעקב וינרוט בנאמנות (אשר בעת שהוקפא היו בו כ-700 אלף דולר), אולם מתגובת רבינוביץ עלה כי ביחס לחשבון זה כבר ישנו צו שיפוטי, ולפיכך חזרה בה הקרן מחלק זה של בקשתה. עו"ד וינרוט קיבל כספים כשכר טירחה בגין עסקת הפטריארכיה, ששרבינוביץ וזוסמן התכוונו לכאורה לבצע.
העליון האריך את עונש המאסר יש לציין, כי רבינוביץ כבר הורשע בדין בעבירות של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, ניסיון לקבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, זיוף בכוונה לקבל דבר בנסיבות מחמירות, ושימוש במסמכים מזויפים ושיבוש מהלכי משפט, כאשר ערעורו על הרשעתו נדחה. בחודש אפריל החמיר בית המשפט העליון בעונשו של רבינוביץ', והעמיד אותו על 6 שנות מאסר בפועל. עונשו של המורשע השני בפרשה, דוד מורגנשטן, הוקל, כך שהקנס והפיצוי שהוטלו עליו בבית משפט המחוזי בוטלו, בעקבות קבלת ערעורו ברוב דעות על הרשעתו בסיוע לעבירות מרמה וזיוף. שני אנשי העסקים הורשעו בנובמבר 2007 בעבירות מרמה וזיוף בקשר לפרשת ההונאה של קרקעות הפטריארכיה היוונית בירושלים.
