משרד התיירות מעולם לא הגדיר מהו מבחינתו "אתר תיירות", והדבר לא הוגדר בדין או בפסיקה. כמו-כן, המשרד לא קבע מהו המידע החיוני שראוי להיכלל באתרי האינטרנט התיירותיים של הרשויות המקומיות, ולא וידא שהמידע בהם עדכני ומדויק. כך עולה (יום ד', 13.10.10) מדוח מבקר המדינה, אשר בדק במהלך 2009 את יחסי הגומלין בין משרד התיירות ובין הרשויות המקומיות בכל הנוגע להשקעות בפיתוח אתרי תיירות ושיטת המימון התואם, את ניהול אתרי תיירות ברשויות המקומיות ותחזוקתם, ואת הפיקוח והבקרה של יחידת הביקורת של המשרד על תחזוקת האתרים.
משרד המבקר התמקד באתרי תיירות בשש ערים שאתריהן מגוונים ובעלי חשיבות היסטורית, דתית ותרבותית ושמשרד התיירות השקיע במשך השנים בפיתוחם: ירושלים, טבריה, נצרת, עכו, צפת ורמלה. אתרי התיירות שבהם נעשתה הביקורת הם אתרים שמשרד התיירות והעירייה הגדירום כך בפרסומים שונים, אתרים שבהם השקיעה כספים החברה הממשלתית לתיירות ואתרי הנצחה.
בדוח "זכתה" עיריית ירושלים לביקורת רבה: בעיר לא קיים גוף לניהול ולתפעול אינטגרטיביים של אתרי התיירות בעיר, אף שלשם כך חוקק חוק הרשות לפיתוח ולקידום התרבות, התיירות וקשרי החוץ של ירושלים. כמו-כן, באתרי התיירות בירושלים היו שלטים חד-לשוניים ובלתי-מקצועיים, וחסרו בהם שִלטי הסבר ושלטים המציינים את שמותיהם.
גם באתרי תיירות המנוהלים על-ידי החל"פ בעכו לא הוקפד על ניסוח נאות בשילוט הכוונה; שלטים לא היו רב-לשוניים, דבר שהקשה על התיירים הזרים את ההתמצאות במקום. שלטי הכוונה באולמות האבירים לא היו אחידים. בנצרת ובצפת לא הציגו אתרי תיירות רבים בכניסה שלטים שבהם מצוינות שעות הפעילות. בנוסף, עיריית עכו לא פעלה בהתאם לפקודת העיריות ולחוק העזר שאימצה בנושא על-מנת להבטיח את הציון הראוי של שמות הרחובות, במיוחד באזורי התיירות.
"לאכוף הנחיות המימון התואם" משרד המבקר מסכם בדוח כי ראוי שמשרד התיירות יגדיר מהי עיר תיירות, מהו אתר תיירות ומה הן המשמעויות המעשיות הנובעות מהגדרות אלה. "מן הראוי שהמשרד יקפיד לאכוף את ההנחיות בנוגע למימון התואם בהתאם לנהלים שהוא עצמו קבע בחוזר מנכ"ל, ועל החברה הממשלתית לתיירות להקפיד לנהוג על-פיהם", נכתב בדוח. לדעת משרד המבקר, "מן הראוי שהמשרד ישקול לבחון מחדש את נוסחת המימון התואם כדי שזו תתאים יותר לצורכי עיריות שמצבן הכלכלי הקשה אינו מאפשר להן להשקיע את חלקן".
עוד קבע המבקר, כי מן הראוי שמשרד התיירות יפעל בשיתוף עם משרד הפנים בקביעת תכנים בסיסיים וחיוניים לאתרי האינטרנט התיירותיים של הרשויות המקומיות. לדעת משרד מבקר המדינה, ריבוי אתרי תיירות וגופים האחראיים עליהם דורש תיאום בניהולם, בשיווקם ובתחזוקם.
עוד נקבע, כי על משרד הפנים ועל משרד התיירות, בשיתוף עם הרשויות המקומיות, לפעול להסדרת התחזוקה הלקויה באתרי התיירות. "הצלחתה של המדינה לשמר אותם כראוי עשויה להוסיף לה כבוד ולשפר את תדמיתה הבינלאומית", סיכם המבקר.
