האגף למוסדות תורניים במשרד החינוך העניק אשתקד תמיכות בשיעור הגבוה פי שלושה מזה שאושר בתחילת השנה. כך עולה מנתוני אתר התמיכות של משרד האוצר. בתחילת השנה אושרו תמיכות בסכום כולל של 350 מיליון שקל, בעוד התמיכות בפועל בשנת 2009 הסתכמו ב-1.123 מיליארד שקל. גורמים במשרד האוצר מסבירים, שהדבר נובע מכך שהאגף אינו יודע בתחילת השנה כמה תלמידים ילמדו בפועל בכל מוסד, ולכן הוא מעמיד סכום ראשוני בלבד, אותו הוא מעדכן בסוף השנה בהתאם למספר התלמידים בפועל. אולם בדיקה מדגמית בגופים אחרים מגלה, כי האגף למוסדות תורניים הוא היחיד הפועל בשיטה כזו. התמיכות בחינוך התיישבותי, הניתנות גם הן בידי משרד החינוך, תוקצבו אשתקד ב-309 מיליון שקל והתשלום בפועל היה 296 מיליון שקל. במשרד הרווחה, שאמור גם הוא שלא לדעת מראש מה יהיה מספר הנזקקים לתמיכותיו, שולמו 133.7 מיליון שקל מתוך 148.7 מיליון שקל שהוקצבו. תמיכותיו של משרד הדתות במוסדות ציבור - הדומים במאפייניהם לישיבות - הסתכמה בדיוק בסכום שהוקצב: 1.1 מיליארד שקל. יתרה מזאת: בשנת 2008 הקציב האגף למוסדות תורניים 665 מיליון שקל ושילם בפועל 702.6 מיליון שקל - סטייה מזערית של 5% בלבד. זאת, כאמור, לעומת סטייה של למעלה מ-300% בשנה שלאחר מכן. לפיכך, מתעורר חשש שמא התשלומים בפועל אשתקד התבססו על נתונים כוזבים שמסרו חלק מהמוסדות למשרד החינוך. המשרד אומנם מבצע בדיקות של נוכחות התלמידים ומשווה את מספריהם לאלו שנמסרו לו, אך בדיקות אלו הן אקראיות. כמו-כן, קיימת תופעה של "אזעקת" תלמידים ברגע בו המבקרים מטעם משרד החינוך מגיעים למוסד זה או אחר. עוד יש להזכיר, כי במרס 2009 הוקמה הקואליציה הנוכחית, בה שותפה גם יהדות התורה - שלא הייתה שותפה בממשלה הקודמת. ייתכן שהדבר גרם לזינוק בתמיכות שניתנו למוסדות המקורבים למפלגה זו, ואשר לא תוקצבו בתחילת השנה בשל ההרכב השונה אז של הקואליציה. ייתכן שגם את הכפלת התמיכה הכוללת במוסדות תורניים ניתן לייחס להקמת הקואליציה החדשה ולהבטחות שניתנו לשותפות החרדיות בה.