הגירעון הכולל של כלל קופות החולים בישראל נכון לסוף שנת 2009 צומצם מ-386 מיליון שקלים בשנה הקודמת ל-165 מיליון שקלים בשנת 2009. כך עולה (יום א', 21.11.10) מדוח השוואתי שערך משרד הבריאות על פעילות ארבע קופות החולים בשנה שעברה. הדוח הוכן על-ידי רו"ח מירה ולדמן אשרוב, מנהלת הפיקוח והבקרה הפיננסיים על קופות החולים באגף לפיקוח על קופות חולים במשרד הבריאות ורו"ח טובה הילמן ממשרד הילמן ושות' רואי חשבון.
מן הדוח עולה כי קופות החולים מכבי ומאוחדת סיימו את השנה בעודף נמוך לעומת השנה הקודמת. קופות החולים מכבי, לאומית ומאוחדת סיימו את שנת 2009 באיזון. קופת חולים הכללית סיימה בגרעון, אם כי מצומצם בהרבה לעומת שנה קודמת.
מן הדוח ניכר כי מלבד השיפור בקופ"ח כללית, תוצאות שלוש הקופות האחרות נשחקו בשנת 2009. שירותי בריאות כללית סיימה את שנת 2009 בגירעון של 185 מיליוני שקלים (לעומת גירעון של 422 מיליוני שקלים בשנת 2008). הירידה בגירעונות הכללית נבעה, בין היתר מצעדי התייעלות בהן נקטה הקופה בתחומי השכר והרכש. מכבי שירותי בריאות סיימה את שנת 2009 בעודף של 4 מיליון שקלים לעומת עודף של 6 מיליון שקלים בשנת 2008. מכבי המשיכה להציג עודף זו השנה הרביעית ברציפות. קופת חולים מאוחדת סיימה את שנת 2009 בעודף של 400 אלף שקלים לעומת עודף של 3 מיליון שקלים אשתקד. מאוחדת מאוזנת זו השנה החמישית ברציפות. לאומית הציגה זו שנה השלישית ברציפות עודף וסיימה את שנת 2009 בעודף בגובה של 16 מיליון שקלים לעומת 27 מיליון שקלים בשנה הקודמת. יש לציין, כי קופת חולים לאומית חתמה בחודש יולי 2010 על הסכם לייצובה הכלכלי לשנים 2010-2008 וכתוצאה מכך, הוענקו לה תמיכות שעוכבו בגין השנים 2009-2007 בגובה של 95 מיליון שקלים. תמיכות אלו נכללות בתוצאות הכספיות של שנת 2009.
רכיב הוצאות השכר הגבוה ביותר - במכבי הוצאות השכר בארבע הקופות עמדו אשתקד על 7.7 מיליארד שקלים, המהוות כ-25% מתמהיל ההוצאות של הקופות. גם בשנת 2009 כללו הוצאות השכר תוספות שכר שנפסקו עפ"י פסק הבוררות בוררות עם הרופאים שנתקבל בשנת 2008. בכללית, בה כמות הרופאים השכירים היא הגבוהה ביותר הן משום גודלה והן מאופן העסקתם, תוספת השכר בשנת 2009 בגין פסק הבוררות עמדו על כ-220 מיליון שקלים, ואולם הכללית ביצעה צעדי התייעלות בתחום כוח האדם בקופה בשנה זו ועל כן, סך הוצאות השכר אף ירדו לעומת שנת 2008 בכ-2.5% (המהווים כ-100 מיליוני שקלים). רכיב הוצאות השכר במכבי המהווה כ-32% מסך ההוצאות, עלה בשנת 2009 בכ-1.2% מ-2.16 מיליארד שקלים מתואמים בשנת 2008 ל-2.19 מיליארד שקלים בשנת 2009. בלאומית, בה הוצאות השכר מהוות כ-24% מסך ההוצאות חלה עליה של כ-6.3% בשנת 2009 (המהווים 36 מיליון שקלים) - מ-620 מיליון שקלים מתואמים ל-659 מיליון שקלים. במאוחדת חלה עליה של 1.5% בהוצאות השכר המהוות כ-30% מסך הוצאות השכר מ-1.05 מיליארד שקלים בשנת 2008 ל-1.07 מיליארד שקלים בשנת 2009.
הוצאות האשפוז - רכיב ההוצאה הכבד ביותר סה"כ הוצאות קופות החולים הסתכמו ב-2009 לכ-31 מיליארד שקלים. שלוש ההוצאות העיקריות של הקופות הינן הוצאות האשפוז המהוות 43% מסך ההוצאות, הוצאות שכר ומשכורת המהוות כ-25% והוצאות על תרופות המהוות כ-19%. שיעורים אלה דומים לשיעורי ההוצאות בשנה קודמת.