משרד החינוך ופרקליטות המדינה דורשים מישיבת עוד יוסף חי לפטר את הרבנים יצחק שפירא ויוסי אליצור - מחברי ספר ההסתה 'תורת המלך' - כתנאי להעברת התיקצוב הממשלתי לישיבה.
מאז ספטמבר 2010, מעוכבים תקציבי הממשלה לישיבה בעקבות תלונה של התנועה ליהדות מתקדמת (הרפורמים) נגד הישיבה אשר ראשיה הוציאו לאור את הספר תורת המלך הכולל קביעה מתי ניתן להרוג גוי.
מנהל הישיבה, איתמר פוזן, טען כי בין אנשי הישיבה למנהל האגף למוסדות תורניים במשרד החינוך עמוס ציידה, והיועץ המשפטי של האגף, גור רוזנבלט, ובמהלכן אמר רוזנבלט כי מאחורי עצירת התקציב לישיבה עומד המשנה לפרקליט המדינה שי ניצן, וכי התקציב לא יחזור כל עוד הישיבה משלמת משכורת למחברי הספר תורת המלך הרבנים שפירא ואליצור.
"מדובר בעיכוב שרירותי ובלתי חוקי וזהו המשך ישירה להתנכלות לכל מי שמשמיע את קול התורה", אמר פוזן. לדבריו, מדובר בצעד הממשיך את הרדיפה כנגד הרב שפירא שנעצר לטענתו מעצר שווא ודרך הפסקת ההסדר לישיבת הר ברכה וזימונם של עשרות רבנים לחקירות במשטרה.
"הישיבה תפתח במאבק ציבורי ומשפטי לקבלת זכויותיה החוקיות ואנו קוראים לציבור להיות שותפים במאבק זה", אמר.
"צעד בלתי חוקי" עו"ד דורון ניר צבי שמייצג את הישיבה טוען כי מדובר בצעד בלתי חוקי וכי בכוונת הישיבה לנקוט בהליכים כנגד צעד זה.
ח"כ מיכאל בן-ארי (האיחוד הלאומי) אמר בתגובה לדברים כי בכוונתו לפנות לשר המשפטים ואל השר לביטחון פנים בדרישה לערוך בירור עם נציגי משרד החינוך ועם שי ניצן. "מדובר בהצעה שגובלת בסחיטה באיומים ואם אכן יש גורם כלשהוא במשרד החינוך או בפרקליטות העומד מאחורי הצעה חמורה שכזאת על השר הרלוונטי להשעותו", טען בן-ארי והוסיף כי לישיבת עוד יוסף חי מגיע תקציב ככל הישיבות. "לא ייתכן כי פקידים יחליטו איזה רב יכהן בישיבה ויקבל משכורת", אמר.
למרות כל האמור לעיל, ל-News1 נודע כי משרד החינוך כלל לא הציב אולטימטום כלשהו בפני הנהלת הישיבה בכל הנוגע לשאלת העסקת הרבנים מחברי הספר תורת המלך.
בימים אלה מתנהל הליך בירור במשרד המשפטים נגד הישיבה בעקבות בעיות רישוי.
